蜜蜂球囊菌基因结构优化及新基因鉴定

• 作者: 付中民 熊翠玲 王海朋 童新宇 解彦玲 赵红霞 郑燕珍 郭睿 陈华枝 陈大福
• 来源期刊: 中国农业大学学报
• 学科: 农学
• 关键词: 蜜蜂球囊菌 转录组 已注释基因 结构优化 新基因
• 年，卷（期）: 2019,（1）
• 页码范围: 61-68
• 页数: 8页
• 分类号: S895.1|Q71
• 语种: 中文
• DOI: 10.11841/j.issn.1007-4333.2019.01.09

摘要

为补充和完善蜜蜂球囊菌Ascosphaera apis基因组序列和功能注释信息,本研究利用RNA-seq技术对球囊菌菌丝和孢子进行深度测序,并基于高质量的转录组数据对已注释基因进行结构优化,对未注释基因进行预测、鉴定和分析.将测序得到的有效读段进行参考基因组比对和转录本重构;利用Cuff compare软件将重构转录本与参考基因组进行比对.结果表明:共对101个已注释基因的5’端或3’端进行了延长;共鉴定出373个新基因,随机挑选10个新基因进行RT-PCR验证,其中8个能扩增出符合预期的目的片段,表明预测出的多数新基因真实存在;共计147个球囊菌新基因可注释到Nr和eggNOG数据库中,85个新基因注释到29个GO条目,66个新基因注释到33条代谢通路.本研究结果补充了球囊菌的基因结构和功能注释信息,也为新基因的功能研究打下了初步基础.