常见SP F级小鼠和大鼠肠道菌群多样性研究

• 作者: 潘金春 王静 闵凡贵 黄树武
• 来源期刊: 中国实验动物学报
• 学科: 生物学
• 关键词: 小鼠 大鼠 肠道菌群 Illuminamiseq
• 年，卷（期）: 2019,（2）
• 所属期刊栏目: 研究报告
• 页码范围: 229-235
• 页数: 7页
• 分类号: Q95-33
• 字数: 4080字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1005-4847.2019.02.016

摘要

目的 研究常见SPF级小鼠和大鼠的肠道菌群多样性.方法 分别采集广东地区三家实验动物生产单位的C57BL/6、ICR、BALB/c小鼠和Wistar、SD大鼠的盲肠内容物样品,用细菌16S rDNA通用引物扩增V4-V5区域,采用Illumina Miseq 2×300 bp测序平台进行测序,使用生物信息学方法进行微生物群落分析、Alpha多样性分析与Beta多样性分析.结果 对序列去杂优化后OTU聚类分析,稀释性曲线说明本次测序的数据量合理;实验小鼠和大鼠肠道菌群共分成八个门,其中拟杆菌门(Bacteroidetes)、厚壁菌门(Firmicutes)占据主要地位,属水平上主要是拟杆菌属(Bacteroides)、Hungatella、副杆状菌属(Parabacteroides)、乳酸杆菌属(Lactobacillus)等;样品间差异性分析显示相同设施来源动物的菌群组成相似性较高;Alpha分析结果显示来源于同种设施的动物物种丰富度相近;Beta分析显示相同设施动物的肠道菌群差异较小,但品系对肠道菌群差异性有所影响.结论 不同来源设施的饲养环境是动物肠道菌群多样性的主要影响因素,不同品系对肠道菌群多样性有一定影响.