基于多重PCR靶向二代测序的近交系小鼠遗传质量监测方法建立

• 作者: 周宇荀 徐园 李凯 王亚恒 肖君华 钱强 韩琳 鲍世民
• 来源期刊: 实验动物与比较医学
• 学科: 生物学
• 关键词: 多重PCR 单核苷酸多态性(SNP) 近交系小鼠 靶向二代测序 遗传质量监测
• 年，卷（期）: 2019,（2）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 111-117
• 页数: 7页
• 分类号: Q95-33
• 字数: 4124字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1674-5817.2019.02.008

摘要

目的 建立基于多重PCR靶向二代测序的小鼠遗传质量监测方案.方法 从小鼠单核苷酸多态性(SNP)数据库筛选出相对均匀分布在20条染色体上的112个SNP位点,然后对SNP位点附近片段进行多重PCR扩增,建库后进行Illumina高通量测序,对原始测序数据进行生物信息学分析获得SNP信息.结果 测序结果显示,多重PCR的扩增子均一性好,各片段成功率高达90％以上,特异性高,高深度测序条件下,SNP位点的等位基因比例趋近于1或0,符合纯合子条件;分析4批近交系小鼠样本,表明SNP位点成功鉴定的比例分别为99.82％,92.00％,99.10％和90.35％,且所有小鼠品系个体的SNP位点均为纯合,并被成功确定为目标品系;品系间两两比较,最大差异数为73个,最小差异数为3个,差异位点平均数为53个,差异中位数为60个,显示出本方案对常见近交系小鼠品系分辨率较高.结论 多重PCR靶向二代测序方案的SNP分型方案是一种准确、快速、高效的基因分型方案,可用于遗传质量检测和品系鉴定.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	肖君华	东华大学化学化工与生物工程学院	58	137	7.0	9.0
2	李凯	东华大学化学化工与生物工程学院	58	122	6.0	9.0
3	周宇荀	东华大学化学化工与生物工程学院	53	102	6.0	9.0
4	鲍世民	中国科学院上海生命科学院	20	126	7.0	10.0
5	徐园	东华大学化学化工与生物工程学院	5	47	1.0	5.0
6	钱强	东华大学化学化工与生物工程学院	5	3	1.0	1.0
7	王亚恒	东华大学化学化工与生物工程学院	1	1	1.0	1.0
8	韩琳		1	1	1.0	1.0