结球甘蓝游离小孢子热激处理下差异表达基因分析

• 作者: 严继勇 侯喜林 宋立晓 曾爱松 李家仪 李英
• 来源期刊: 南京农业大学学报
• 学科: 农学
• 关键词: 结球甘蓝 热激处理 体胚发生 基因表达谱测序 小孢子培养
• 年，卷（期）: 2019,（2）
• 所属期刊栏目: 植物科学
• 页码范围: 236-245
• 页数: 10页
• 分类号: S635.3
• 字数: 7294字
• 语种: 中文
• DOI: 10.7685/jnau.201803041

摘要

[目的]本文旨在探讨结球甘蓝游离小孢子培养早期体胚发生的分子机制,分析游离小孢子在热激处理下的基因表达谱.[方法]将易出胚结球甘蓝高代自交系611单核靠边期小孢子分别在体外32.5℃培养1d(热激处理,E2)、体内正常生长1 d(对照组1,E3)及体外25℃培养1d(对照组2,E5),利用转录组测序技术(RNA-Seq)对3个处理的小孢子文库进行差异基因表达谱分析,并鉴定热激处理下早期体胚发生的响应基因.[结果]将3个处理的小孢子UniGene表达量依次进行两两相比,即E2 vs E3、E2 vs E5以及E3 vs E5,分别鉴定出2 506、1 073和3 322个差异表达基因.基因本体(gene ontology,GO)聚类分析表明,热激处理下的差异表达基因显著富集到细胞组分中的细胞部件、细胞及细胞器;在分子功能中,这些基因在结合、催化活性及核酸结合转录因子活性中的比例最高;在生物过程中的细胞过程、代谢过程及刺激反应等类别中的比例也最高.京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路分析显示,热激处理下的差异表达基因显著富集到植物激素信号转导、植物病原互作、淀粉和糖代谢、抗坏血酸代谢、苯丙氨酸代谢以及多糖降解等途径.进一步对抗坏血酸代谢途径相关基因进行分析,抗坏血酸过氧化物酶基因APX1和APX2,半乳糖脱氢酶基因GalDH以及乙醛脱氢酶基因AD在体外32.5℃培养1d后均显著上调表达.[结论]通过转录组学方法揭示了结球甘蓝游离小孢子在热激处理下基因组的表达变化,鉴定了可能与早期体胚发生相关的抗坏血酸代谢途径基因,为进一步研究甘蓝小孢子体胚发生的分子机制奠定了基础.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	侯喜林	南京农业大学作物遗传与种质创新国家重点实验室	294	4133	31.0	48.0
2	李英	南京农业大学作物遗传与种质创新国家重点实验室	22	145	8.0	11.0
3	李家仪	中国农业大学生物学院	1	2	1.0	1.0