基于高通量测序的不同年龄恒河猴肠道菌群 结构差异分析

• 作者: 尚海泉 朱华 杜晓鹏 秦川 肖冲 郭亚茜
• 来源期刊: 中国实验动物学报
• 学科: 生物学
• 关键词: 肠道菌群 恒河猴 高通量测序 年龄
• 年，卷（期）: 2019,（1）
• 所属期刊栏目: 研究报告
• 页码范围: 72-78
• 页数: 7页
• 分类号: Q95-33
• 字数: 3688字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1005-4847.2019.01.012

摘要

目的 观察不同年龄恒河猴肠道菌群结构和丰度的变化.方法 50只恒河猴,分为成年(5～10岁)、老年(10岁以上)2组,其中成年组33只,老年组17只.采集动物的新鲜直肠粪便,提取DNA后使用Illumina高通量测序平台对样本中细菌16S rDNA-V3区进行测序,定量分析肠道菌群的结构和丰度.结果 老年组和成年组获得的优化序列数差异无显著性(P>0.05).α-多样性分析,老年组恒河猴肠道菌群的Chao1指数(P=0.0174)、Simpson指数(P=0.0258)、ACE指数(P=0.0121)与成年组比较降低,Shannon指数与成年组比较升高(P=0.0132).老年组与成年组相比,在门水平,拟杆菌门(Bacteroidetes)相对丰度升高(P=0.0013),厚壁菌门(Firmicutes)、螺旋体门(Spirochaetes)、疣微菌门(Verrucomicrobia)、粘胶球形菌门(Lentisphaerae)相对丰度降低(P=0.0283,P=0.0002,P=0.0482,P=0.0242).在科水平,Prevotellaceae相对丰度升高(P=0.0001),Ruminococcaceae、Clostridiales、Spirochaetaceae、Christensenellaceae相对丰度降低(P=0.0039,P=0.0080,P=0.0002,P=0.0021).在属水平,老年组unidentified Prevotellaceae相对丰度升高(P=0.0001),乳杆菌属(Lactobacillus)、八迭球菌(Sarcina)、unidentified Spirochaetaceae相对丰度降低(P=0.0114,P=0.0227,P=0.0028).β-多样性分析,老年组肠道菌群与成年组分布在不同区域,差异有显著性(P=0.003).LEfSe分析,在成年组,链球菌属(Streptococcus)、布赫纳氏菌属(buchnera)、乳杆菌属(lactobacillus)是具有统计学意义的生物标记物.结论 恒河猴肠道菌群的结构随年龄增长而改变.丰度降低,多样性增高.