基于全基因组重测序的中国猕猴桃溃疡病菌遗传多样性分析

• 作者: 任雪燕 梁英梅 王晓玮 陶思齐
• 来源期刊: 植物病理学报
• 学科: 农学
• 关键词: 重测序 核苷酸多态性 遗传分化 平衡选择 基因流
• 年，卷（期）: 2019,（4）
• 所属期刊栏目: 细胞生物学、生理学、生物化学、分子生物学
• 页码范围: 500-511
• 页数: 12页
• 分类号: S763.1
• 语种: 中文
• DOI: 10.13926/j.cnki.apps.000386

摘要

由Pseudomonas syringae pv.actinidiae (Psa)引起的猕猴桃细菌性溃疡病是为害猕猴桃的一种毁灭性病害,1996年被列为我国森林植物检疫对象.本研究对来源于我国7个受溃疡病为害最严重地区的21个Psa菌株进行重测序分析,通过主成分分析和系统发育学分析将21个菌株分为三大类群;固定系数分析结果显示所有群体的FST值均小于0.05;核苷酸多态性分析结果显示所有菌株的(N)π值仅为3.74×10-6,且各群体间的差异不明显.这些结果表明PSa在我国的遗传多样性处于低水平状态.基因流(Nm)分析结果显示不同群体之间的Nm值均大于4,表明各群体病原菌之间存在较大的基因交流;Tajima's D中性检验结果显示所有群体的Tajima's D值均大于0,暗示各群体都经历平衡选择;Ka/Ks分析结果显示Psa的大部分基因都受到纯化选择,仅有极少数的基因受到正选择.本研究揭示了中国7个受溃疡病危害最严重地区Psa的遗传多样性,并且获得大量基因组数据,可为病害防治、病原菌耐药性以及抗病植株的选育提供理论依据.