贵阳花溪古茶树遗传进化的SNP分析

• 作者: 宋勤飞 尹杰 张素勤 牛素贞 王胜威 耿广东 赵基英 陈丹萍 陈立杰
• 来源期刊: 西南大学学报（自然科学版）
• 学科: 农学
• 关键词: 古茶树 特异位点扩增片段测序(SLAF-seq) SNP 进化树 PCA 遗传结构
• 年，卷（期）: 2019,（8）
• 所属期刊栏目: 农业与生命科学
• 页码范围: 33-40
• 页数: 8页
• 分类号: S571.1
• 字数: 3635字
• 语种: 中文
• DOI: 10.13718/j.cnki.xdzk.2019.08.006

摘要

试验采用SNP(单核苷酸多态性)技术对贵阳花溪古茶树资源的遗传多样性、群体结构和遗传进化进行了分析.结果表明,利用生物信息学分析古茶树样品的重测序数据,获得了1 656 258个SLAF标签,古茶树样品平均测序深度为24.21x,其中多态性的SLAF标签有462 897个,共得到283 376个高一致性的群体SNP标记.从基于SNP标记获得的进化树可以看出,来自相近地方的古茶树在进化树上基本上处于相近位置,但是花溪古茶树存在着广泛的遗传变异,主成分分析(PCA)获得了与进化树一致的结果.群体结构分析可清晰地把古茶树资源分为乔木型和灌木型2个类群.乔木型古茶树位于进化树下部,而灌木型古茶树处于进化树上部,表明茶树是由乔木型向灌木型进化的.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	耿广东	贵州大学农学院	103	976	19.0	25.0
2	尹杰	贵州大学茶学院	40	309	10.0	16.0
3	张素勤	贵州大学农学院	89	928	19.0	25.0
4	宋勤飞	贵州大学茶学院	29	352	10.0	18.0
5	牛素贞	贵州大学茶学院	25	141	7.0	11.0
6	陈立杰	贵州大学资产经营办公室	12	11	2.0	2.0
7	赵基英		5	3	1.0	1.0
8	王胜威		5	7	1.0	2.0
9	陈丹萍		8	15	2.0	3.0