染色质互作相关转录因子的挖掘及功能分析

• 作者: 丁砚书 王琪 耿宝宝 聂玉敏
• 来源期刊: 生物化学与生物物理进展
• 学科: 生物学
• 关键词: 染色质互作 转录因子 FP-growth Hi-C
• 年，卷（期）: 2019,（4）
• 所属期刊栏目: 研究报告
• 页码范围: 406-414
• 页数: 9页
• 分类号: Q5|Q7
• 语种: 中文
• DOI: 10.16476/j.pibb.2018.0303

摘要

染色质互作是真核生物基因组组装的基础,并且在调控真核基因细胞特异性表达中发挥重要作用.染色质互作的发生与特定的蛋白质有关,目前已经发现CTCF(CCCTC binding facor,转录阻抑物)和黏连蛋白与染色质互作相关,然而并不清楚是否还有其他蛋白质参与染色质互作.我们将整合高通量染色体构象捕获(Hi-C)和染色质免疫沉淀-测序(ChIP-seq)数据,在GM12878和K562细胞系中挖掘与染色质互作相关的转录因子,并对发现的转录因子做功能分析.我们在频繁发生互作的染色质位点中发现RUNX3、SPI1等转录因子也可能参与染色质互作.另外,通过FP-growth的数据挖掘方法还发现多个转录因子可能协同作用参与染色质互作.研究结果将为染色质互作相关实验的开展提供先验知识.