羊种布鲁氏菌OMP16蛋白结构的生物信息学分析

• 作者: 丁剑冰 刘小双 卢佩佩 周延 岳晓媚 张峰波 李智伟 贾斌
• 来源期刊: 中国人兽共患病学报
• 学科: 医学
• 关键词: 布鲁氏菌 OMP16蛋白 生物信息学 B细胞表位 T细胞表位
• 年，卷（期）: 2019,（1）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 21-27,33
• 页数: 8页
• 分类号: R392.12
• 字数: 3406字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1002-2694.2018.00.214

摘要

目的 使用生物信息学方法预测羊布鲁氏菌OMP16蛋白的结构特点,并预测可能的B细胞和T细胞优势表位.方法 从NCBI数据库中获取羊布鲁氏菌的OMP16蛋白的氨基酸序列.通过ProtParam分析OMP16蛋白的理化性质;利用DNAstar和SOMPA分析OMP16蛋白二级结构;利用Phyre2和Rasmol构建并分析OMP16蛋白三级结构;利用IEDB、DNAStar、ABCpred和BepiPred预测OMP16蛋白的B细胞抗原表位;利用SYFPEITHI和IEDB预测OMP16蛋白的T细胞抗原表位.结果 OMP16蛋白有426个氨基酸序列,理论等电点为9.72,原子组成为C2026H3209 N499O536S17,为稳定性疏水性蛋白.二级结构显示α-螺旋、β-折叠、β-转角和无规则卷曲分别是40.61％,19.01％,8.45％和31.92％.预测出4个B细胞优势表位,分别是93-102,183-187,273-289,294-301;5个CTL细胞优势表位,分别是69-77,175-183,267-275,373-381,408-416;5个Th细胞优势表位,分别是4-20,32-46,63-77,316-330,352-366.结论 羊布鲁氏菌OMP16蛋白结构中有4个B细胞优势表位,5个CTL细胞优势表位和5个Th细胞优势表位,为进一步为布鲁氏菌诊断和疫苗研究的奠定基础.