基于基因芯片筛选恶性周围神经鞘瘤的核心基因和通路

• 作者: 冯虎 单鸿剑 唐先业 孙伟 孙珺 薛骋 袁峰 辛兵
• 来源期刊: 徐州医科大学学报
• 学科: 医学
• 关键词: 基因芯片 恶性周围神经鞘瘤 生物信息学
• 年，卷（期）: 2019,（11）
• 所属期刊栏目: 肿瘤学
• 页码范围: 836-842
• 页数: 7页
• 分类号: R739.43
• 字数: 4422字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.2096-3882.2019.11.13

摘要

目的 利用基因芯片和生物信息学的分析方法,筛选与恶性周围神经鞘瘤(MPNSTs)发生发展有关的差异表达基因(DEGs)和信号通路,为进一步研究和治疗MPNSTs提供新的靶点和方向.方法 在GEO数据库下载基因表达数据集GSE66743,通过分析良性神经纤维瘤和MPNSTs的基因表达,获得DEGs.随后,使用DAVID数据库进行基因本体论(GO)功能注释和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析.使用STRING蛋白质相互作用(PPI)数据库对DEGs进行PPI网络的构建,并应用Cytoscape软件从PPI网络中识别核心基因.最后使用Cytoscape软件对PPI网络进行核心模块的筛选并对模块设计DEGs进行KEGG富集分析.结果 共鉴定出上调基因493个,下调基因362个.GO分析表明DEGs主要参与细胞周期、染色体分离、有丝分裂细胞周期过程、分子功能调节和酶调节活性等;KEGG主要富集在补体和凝血级联、癌症中的蛋白多糖、酪氨酸代谢、肿瘤坏死因子(TNF)信号通路和趋化因子信号通路、细胞周期、蛋白质消化吸收、细胞外基质(ECM)-受体相互作用和范科尼贫血途径;PPI网络筛选得到了10个核心基因,对前3个核心模块所涉及基因的富集分析表明,DEGs主要与细胞周期、系统性红斑狼疮以及补体和凝血级联相关.结论 GO功能注释和KEGG富集分析揭示了MPNSTs潜在的发病机制,筛选得到的核心基因和通路为MPNSTs提供了潜在的诊断和治疗靶点.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	袁峰	徐州医科大学附属医院骨科	46	105	6.0	8.0
2	冯虎	徐州医科大学附属医院骨科	14	45	4.0	6.0
3	孙伟	徐州医科大学附属医院骨科	13	28	3.0	4.0
4	单鸿剑	徐州医科大学附属医院骨科	6	3	1.0	1.0
5	薛骋	徐州医科大学附属医院骨科	9	26	3.0	5.0
6	辛兵	徐州医科大学附属医院骨科	9	27	3.0	5.0
7	孙珺	徐州医科大学附属医院骨科	2	0	0.0	0.0
8	唐先业	徐州医科大学附属医院骨科	4	16	2.0	4.0