腺泡状横纹肌肉瘤相关基因生物信息学分析

• 作者: 党晓谦 吕雷锋 张晨 张汝朋 柏传毅 王坤正
• 来源期刊: 重庆医学
• 学科: 医学
• 关键词: 计算生物学 横纹肌肉瘤 差异表达基因 信号通路
• 年，卷（期）: 2019,（9）
• 所属期刊栏目: 生物信息学
• 页码范围: 1552-1555
• 页数: 4页
• 分类号: R685.5
• 字数: 3228字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1671-8348.2019.09.027

摘要

目的 采用生物信息学方法预测与腺泡状横纹肌肉瘤(ARMS)相关的差异表达基因和信号通路.方法 从基因表达综合数据库GEO中下载得到14组ARMS与正常对照组织产生的系列数据集GSE2787表达谱数据集,依据生物信息学分析方法,采用R语言分析工具筛选差异表达基因.注释、可视化和集成发现的数据库DAVID在线分析工具、R包、已知和预测的蛋白质-蛋白质相互作用STRING数据库及Cy-toscape软件对差异表达基因进行基因功能、信号通路及蛋白-蛋白相互作用网络分析.结果 共筛选出867个差异表达基因,表达上调基因737个,下调基因130个.蛋白-蛋白相互作用网络由752个节点和5 158个交互组成,网络分析列出蛋白相互作用网络的前35个中心节点蛋白.关键差异表达基因主要涉及RNA拼接等生物学过程、核糖核蛋白复合体等细胞组件、RNA结合等分子功能及剪接体信号通路.结论 剪切刺激因子3(CSTF3)、剪接体相关蛋白同源体(CWC25)、Asp-Glu-Ala-Asp解旋酶5(DDX5)等差异表达基因及剪接体信号通路可能与ARMS的发生、发展密切相关.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	王坤正	西安交通大学第二附属医院骨一科	404	3247	26.0	38.0
2	党晓谦	西安交通大学第二附属医院骨一科	152	970	15.0	23.0
3	张晨	西安交通大学第二附属医院骨一科	66	337	12.0	15.0
4	柏传毅	西安交通大学第二附属医院骨一科	47	419	9.0	19.0
5	吕雷锋	西安交通大学第二附属医院骨一科	6	32	2.0	5.0
6	张汝朋	西安交通大学第二附属医院骨一科	1	0	0.0	0.0