差异甲基化位点对肝细胞癌预后的相关性分析

• 作者: 张斯娜 郭小娟 陈钢
• 来源期刊: 肝胆胰外科杂志
• 学科: 医学
• 关键词: 癌,肝细胞 GEO数据库 TCGA数据库 甲基化 预后分析
• 年，卷（期）: 2019,（1）
• 所属期刊栏目: 基础研究
• 页码范围: 47-53
• 页数: 7页
• 分类号: R318.15
• 字数: 5006字
• 语种: 中文
• DOI: 10.11952/j.issn.1007-1954.2019.01.013

摘要

目的 通过TCGA和GEO数据库关于肝细胞癌病例的数据挖掘,扫描全基因组范围内的肝细胞癌预后相关的甲基化位点.方法 本研究采用TCGA、GSE54503、GSE57956和GSE37988肝细胞癌病例的数据集分析共同的甲基化位点,比较肝细胞癌和癌旁组织甲基化水平差异,得出共同的差异甲基化位点.采用Cox比例风险模型分析各差异位点甲基化水平对肝细胞癌总生存率影响,评估其与对应基因mRNA表达的相关性,进一步评估mRNA表达对肝细胞癌预后的影响.结果 肝细胞癌预后相关最显著的甲基化位点为位于基因TFCP2区域的cg20927059(P=0.003),对应的HR值及95%CI为10.53(2.26～49.03).筛选的与肝细胞癌预后有关联性的15个甲基化位点中,13个甲基化位点的甲基化水平与对应基因的mRNA表达相关,其中cg13984181对应的EPHX4基因和cg14541950对应的HIST3H2BB基因的mRNA表达与肝细胞癌的预后有关(HR:1.17,95%CI:1.06～1.29,P=0.002;HR :1.06,95%CI:1.00～1.13,P=0.043).结论 本研究首次发现EPHX4和HIST3H2BB基因甲基化位点的甲基化水平对肝细胞癌的预后有影响.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	陈钢	温州医科大学附属第一医院肝胆外科	6	12	2.0	3.0
2	郭小娟	内蒙古医科大学公共卫生学院	4	11	2.0	3.0
6	张斯娜	内蒙古医科大学公共卫生学院	1	1	1.0	1.0