羊传染性脓疱病毒OVIFNR蛋白结构分析与B细胞表位预测

• 作者: 常攀峰 成伟伟 杨明 赵子惠 陈伯祥
• 来源期刊: 中国动物检疫
• 学科: 农学
• 关键词: 羊传染性脓疱病毒 OVIFNR蛋白 生物信息学 结构 功能
• 年，卷（期）: 2019,（11）
• 所属期刊栏目: 技术支撑
• 页码范围: 65-71
• 页数: 7页
• 分类号: S851.3
• 字数: 3082字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1005-944X.2019.11.015

摘要

本研究应用生物信息学方法,预测分析羊传染性脓疱病毒(ORFV)的OVIFNR蛋白结构与B细胞抗原表位.从羊传染性脓疱病羊嘴唇结痂中扩增出ORFV的OVIFNR基因序列并进行测序鉴定,上传至NCBI;应用生物信息学软件,将扩增所得的OVIFNR基因序列和GenBank公布的参考序列,在核苷酸和氨基酸水平上进行同源性分析和遗传进化树构建,并对OVIFNR蛋白分子的理化特性、跨膜区、信号肽、亲疏水性、二级结构、三级结构和B细胞抗原表位进行预测分析.结果显示:所扩增序列与Hoping和Nantou毒株的OVIFNR基因核苷酸序列和氨基酸序列同源性分别为99.6％和100％;通过遗传进化树发现,所扩增序列的毒株与Hoping、ShanX、Nantou毒株处于同一分支;OVIFNR蛋白的理论等电点为4.83,半衰期为30 h,脂肪族指数77.92,总平均疏水性为-0.181,无跨膜区和信号肽,不属于跨膜蛋白;二级结构中α螺旋、β折叠、β转角、无规卷曲分别占68.64％、7.56％、15.13％、9.18％,筛选出了8个优势B细胞表位;OVIFNR蛋白为亲水性蛋白,含有较多B细胞表位,具有抗原性,可以作为ORFV检测的新靶点.本研究为OVIFNR蛋白的功能研究和ORFV检测方法的建立提供了理论依据.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	杨明		60	206	8.0	12.0
2	陈伯祥		50	112	6.0	8.0
3	成伟伟		6	2	1.0	1.0
4	赵子惠		4	1	1.0	1.0
5	常攀峰		6	4	1.0	2.0