小分子化合物3D结构数据库的构建

• 作者: 于明珠 吕思凡 张鹏莉 杜尚民 杜江峰 高艳锋
• 来源期刊: 郑州大学学报（医学版）
• 学科: 医学
• 关键词: 指纹图谱 虚拟筛选 先导化合物 3D结构
• 年，卷（期）: 2019,（1）
• 所属期刊栏目: 应用研究
• 页码范围: 46-50
• 页数: 5页
• 分类号: R914.2
• 字数: 4019字
• 语种: 中文
• DOI: 10.13705/j.issn.1671-6825.2018.05.113

摘要

目的:构建小分子化合物3D结构数据库,为药物设计提供筛选平台.方法:从6个常用的小分子化合物公司的官方平台下载小分子化合物库(ChemBridge、ChemDiv、InterBioScreen、LifeChemicals、Specs和Vitas-m),同时通过整理文献获得毒理库、片段库、上市药物库以及天然产物库,用MOE软件对获得的所有化合物进行3D结构生成,通过能量最小化确定小分子化合物的最佳3D结构,并计算指纹图谱及其物理属性.结果与结论:构建了小分子化合物的3D结构数据库.对所有小分子化合物属性的分析表明6个商用数据库所包含的小分子化合物绝大多数具有类药性,但也存在具有毒性的片段;各数据库的物理属性如氢键受体/供体数等分布图不尽相同.该平台产生的数据可以直接用于基于靶点结构的虚拟筛选和3D相似性搜索,亦有助于药物设计者选择具有针对性的数据库进行药物筛选工作.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	高艳锋	郑州大学生命科学学院	30	76	6.0	7.0
2	于明珠	郑州大学生命科学学院	1	0	0.0	0.0
3	张鹏莉	郑州大学生命科学学院	1	0	0.0	0.0
4	吕思凡	郑州大学生命科学学院	1	0	0.0	0.0
5	杜尚民	三门峡职业技术学院医护学院	1	0	0.0	0.0
6	杜江峰	郑州大学生命科学学院	2	0	0.0	0.0