云南省一株CRF01_AE/B/C独特重组毒株近全长基因序列分析

• 作者: 刘家法 孙艾丝 张米 李健健 杨壁珲 邓雪媚 雷素云
• 来源期刊: 中华微生物学和免疫学杂志
• 关键词: 人类免疫缺陷病毒1型 独特型重组 近全长基因序列分析
• 年，卷（期）: 2019,（8）
• 所属期刊栏目: 病毒学
• 页码范围: 601-607
• 页数: 7页
• 字数: 4482字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3760/cma.j.issn.0254-5101.2019.08.007

摘要

目的 分析云南省新发现的1个HIV-1独特型重组毒株的基因结构和重组特点.方法 在云南省2016年HIV基因型耐药检测样本中,发现1例患者体内HIV-1毒株pol区存在重组片段,运用RT-PCR的方法分两段扩增病毒近全长基因组并测定序列.使用RIP、jpHMM和SimPlot3.5软件进行重组分析,同时采用MEGA6.06软件共同构建Neighbor-joining系统进化树对该毒株的同源关系进行分析.结果 共获得长度为8590 bp的HIV-1近全长基因序列,断点分析表明该序列由CRF01_AE、B和C亚型片段组成,其中CRF01_AE作为骨架,插入B和C亚型片段,对应HIV-1 HXB2的位置分别是791～1171为CRF01_AE,1172～2652为C,2653～2977为B,2978～9380为CRF01_AE.结论 云南省近年来发现了部分由CRF01_AE、B和C亚型交叉重组形成的新型毒株,而本研究发现的这个毒株重组模式复杂,提示我们应密切监测流行趋势变化,这对于了解当前HIV-1流行情况和变化趋势具有重要意义.