鸡小黄卵泡环状RNA的鉴定和功能分析

• 作者: 吴鹏飞 张跟喜 李婷婷 沈曼曼 王金玉 陈兰 陈福祥
• 来源期刊: 农业生物技术学报
• 学科: 农学
• 关键词: 京海黄鸡 卵泡 颗粒细胞 膜细胞 环状RNA 竞争性内源RNA
• 年，卷（期）: 2019,（5）
• 所属期刊栏目: 研究论文与报告
• 页码范围: 773-784
• 页数: 12页
• 分类号: S831.2
• 字数: 7724字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1674-7968.2019.05.002

摘要

鸡(Gallus gallus)卵泡膜和卵泡颗粒细胞与哺乳动物的功能不同,鸡卵泡发育过程中最重要的是小黄卵泡(small yellow follicle,SYF)的发育.为研究鸡小黄卵泡环状RNA (circular RNA,circRNA)的表达水平,丰富鸡的卵泡发育理论,本研究以京海黄鸡小黄卵泡颗粒细胞(granulosa cells of SYF,SYFG)和膜细胞(theca cells of SYF,SYFT)为实验对象,去除总RNA中的线性RNA,然后通过Illumina Hi-Seq 4000测序平台进行测序,经生物信息学分析初步筛选出差异表达的circRNAs.然后利用基因本体(Gene Ontoloty,GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)对差异表达circRNAs的母源基因进行功能注释和富集分析.结果 显示,SYFG和SYFT中共鉴定出9 904个circRNAs,其中4 199个circRNAs在两种细胞中均广泛表达,在膜细胞中表达数量更高;特征分析发现,circRNAs在染色体上广泛分布,染色体越长则分布越多,circRNA长度主要分布在100～400 nt之间,平均长度为296 nt;共有625个circRNAs在两种细胞中差异表达,其中在SYFG中上调表达271个,在SYFT中上调表达354个;在SYFG中上调表达的circRNAs参与细胞增殖、细胞识别、脂肪酸合成、脂类代谢等过程,经分析得到候选基因TOX高迁移率蛋白家族成员2(TOX high mobility group box family member 2,TOX2)、胰岛素样生长因子受体1(insulin like growth factor 1 receptor,IGF1R)和磷脂酰肌醇-4,5-二磷酸3-激酶催化亚单位β (phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit β,PIK3CB);在SYFT中上调表达的circRNAs集中于核苷酸结合、粘着吸附、促性腺激素释放激素(gonadotropin releasing hormone,GnRH)等信号通路,经分析得到候选基因单胺氧化酶A(monoamine oxidaseA,MAOA)、成纤维细胞生长因子受体(fibroblast growth factor receptor 2,FGFR2)和丝裂原活化蛋白激酶1(mitogen-activated protein kinase 1,MAPK1).综上所述,本研究筛选出的circRNAs可能主要通过与线性转录本竞争或作为竞争性内源RNA (competing endogenous RNA,ceRNA)来发挥功能,本研究结果从circRNA角度丰富了鸡卵泡发育的基础遗传理论.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	王金玉	扬州大学动物科学与技术学院	172	1985	24.0	37.0
2	张跟喜	扬州大学动物科学与技术学院	55	269	9.0	14.0
3	沈曼曼	扬州大学动物科学与技术学院	11	18	2.0	3.0
7	陈福祥	扬州大学动物科学与技术学院	3	3	1.0	1.0
8	陈兰	扬州大学动物科学与技术学院	6	67	3.0	6.0
9	吴鹏飞	扬州大学动物科学与技术学院	7	10	3.0	3.0
10	李婷婷	扬州大学动物科学与技术学院	11	7	1.0	2.0