不同光色条件下京海黄鸡垂体转录组功能分析

• 作者: 王莹 李扶石 张杨扬 王金玉 扬州大学动物科学与技术学院
• 来源期刊: 南方农业学报
• 学科: 农学
• 关键词: 光色 京海黄鸡 转录组 垂体
• 年，卷（期）: 2024,（3）
• 所属期刊栏目: 专题：转录组测序
• 页码范围: 157-165
• 页数: 9页
• 语种: 中文

摘要

【目的】对不同光色条件下京海黄鸡垂体进行转录组测序分析，了解不同光色条件下京海黄鸡垂体的表达谱，旨在筛选出红光影响京海黄鸡生殖激素合成的关键基因，为提高种鸡产蛋性能提供理论基础。【方法】红光组京海黄鸡产蛋量（90.61枚）显著高于白光组（87.44枚）（P<0.05）。选取红光和白光条件下京海黄鸡各3只，采集其垂体进行高通量测序，利用HISAT和DESeq等方法获得差异表达基因（DEGs）进行GO功能注释和KEGG信号通路富集分析。【结果】通过高通量测序获得4892794884～4980565639条Raw reads，比对到参考基因组的read比对率在92.00%以上，GC含量为48.54%～49.11%。将红光和白光条件下京海黄鸡的垂体进行比较，共获得155个DEGs，其中红光组与白光组（RP vs WP）相比，有90个基因表达上调和65个基因表达下调。对DEGs进行GO功能注释分析，主要在生物调控、细胞过程、细胞、细胞组分、连接和催化活性功能等重要生物途径。KEGG信号通路分析结果显示，DEGs主要富集在细胞因子—细胞因子受体相互作用、类固醇激素的生物合成通路、视黄醇的新陈代谢、花生四烯酸代谢、神经活性配体—受体相互作用等信号通路，这些通路中的促性腺激素释放激素基因（GNRH1）、分泌型磷蛋白1基因（SPP1）、信号转导蛋白1基因（SMAD1）、骨形态形成蛋白拮抗蛋白2抗体基因（GREM2）和表皮调节素基因（EREG）等表达可能受光色的影响，从而影响种鸡的产蛋性能。实时荧光定量PCR(q RT-PCR)结果证明了转录组测序结果准确可靠。【结论】与白光相比，红光能显著提高京海黄鸡的产蛋量。筛选获得的GNRH1、SPP1、SMAD1、GREM2和EREG等基因可能在光色调控京海黄鸡产蛋性能中发挥重要作用，可作为种鸡垂体组织调控其产蛋性能分子机制研究的关键基因。