基于简化基因组测序的京海黄鸡上市体重全基因组关联分析

• 作者: 张向前 张涛 张跟喜 王文浩 王永娟 王金玉 韩昆鹏
• 来源期刊: 农业生物技术学报
• 关键词: 简化基因组测序 京海黄鸡 上市体重 全基因组关联分析
• 年，卷（期）: 2015,（8）
• 所属期刊栏目: 研究论文与报告
• 页码范围: 1067-1075
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1674-7968.2015.08.010

摘要

为了揭示京海黄鸡(Gallus gallus)上市体重性状的遗传基础,寻找可用于京海黄鸡上市体重性状改良的分子标记及候选基因,本研究以京海黄鸡核心群母鸡为基础,测定了400只母鸡16周龄时上市体重,利用简化基因组测序技术进行全基因组关联分析(genome-wide association study,GWAS),筛选与上市体重相关的单链核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNPs)位点.结果利用一般线性模型(general liner model,GLM)共检测到15个与京海黄鸡上市体重显著相关的SNPs位点,其中4个位点达到全基因组显著水平(P＜ 1.87E-06),11个位点达到全基因组潜在显著水平(P＜3.73E-05);利用混合线性模型(mixed linear model,MLM)筛选到6个与京海黄鸡上市体重显著相关的SNPs位点,其中2个SNPs位点达到全基因组显著水平(P＜ 1.87E-06),4个位点达到全基因组潜在显著水平(P＜3.73E-05).两种模型筛选到6个相同的显著SNPs位点,分别为rs1169337928、rs475641139、rs31633105、rs475856030、rs476878211和rs477915563.筛选每个显著SNP周围1 Mb区域内的基因,共找到14个可能的候选基因,其中FAM124A、QDPR、BCLllA、LDB2、BODlL1和WDR1 6个基因可能为影响上市体重的重要候选基因.同时还发现,14个SNPs中有9个集中分布在4号染色体上的75.641～79.592Mb的区域内,表明该区域是影响京海黄鸡上市体重的重要候选区域.本研究为京海黄鸡的分子标记辅助选育提供理论素材.