玉米大斑病菌StCHS6的基因结构及表达规律分析

• 作者: 刘玉卫 巩校东 张晓雅 毕欢欢 王小敏 董金皋 谷守芹 韩建民
• 来源期刊: 华北农学报
• 学科: 农学
• 关键词: 玉米大斑病菌 基因克隆 几丁质合成酶基因 基因结构 表达模式
• 年，卷（期）: 2019,（6）
• 所属期刊栏目: 资源环境·植物保护
• 页码范围: 198-202
• 页数: 5页
• 分类号: S432.1
• 字数: 3615字
• 语种: 中文
• DOI: 10.7668/hbnxb.20190112

摘要

为了阐明玉米大斑病菌几丁质合成酶基因StCHS6在病菌生长发育及致病过程中的作用,克隆并解析了该基因及其编码蛋白的结构特征,明确了该基因在病菌生长发育过程中的表达模式.在玉米大斑病菌1号小种菌株01-23中克隆StCHS6,利用生物信息学手段分析该基因的结构特征,并利用已有的病菌重要发育阶段的RNA-Seq数据库信息,明确该基因的表达模式.结果发现,StCHS6位于病菌基因组scaffold 1:2066293-2069876(-)的位置,基因全长为3584 bp,含有4个内含子和5个外显子;CDS序列大小为2703 bp,编码900个氨基酸,脂肪指数为81.86,亲水性平均值为-0.178,等电点(PI)为8.36,不稳定指数为36.94,属于碱性稳定型蛋白;保守结构域分析表明,StCHS6蛋白含有几丁质合成酶催化结构域Chitin synth 1和多个跨膜结构域;亚细胞定位分析推测该蛋白定位于细胞膜上;RNA-Seq数据分析表明,StCHS6在菌丝、分生孢子、芽管、附着胞和侵入钉5个发育时期均有表达,但其表达量有所差异.以芽管时期的表达量为1,菌丝、分生孢子、附着胞和侵入钉时期的表达量分别为芽管时期的3.80,4.97,3.40,2.60倍.为阐明玉米大斑病菌StCHS6的基因结构特征、表达模式及功能奠定了基础.