基因芯片筛选肝细胞性肝癌的差异表达基因和通路

• 作者: 朱良 江勇 钱叶本 陈朋
• 来源期刊: 安徽医科大学学报
• 学科: 医学
• 关键词: 肝癌 基因芯片 差异表达基因 核心基因 TCGA
• 年，卷（期）: 2019,（8）
• 所属期刊栏目: 基础医学研究
• 页码范围: 1237-1242
• 页数: 6页
• 分类号: R735.7
• 字数: 4163字
• 语种: 中文
• DOI: 10.19405/j.cnki.issn1000-1492.2019.08.014

摘要

目的 通过基因芯片和生物信息学的分析方法,筛选与肝癌发病相关的差异表达基因和通路,为进一步研究肝癌发生发展过程中的相关机制提供依据.方法 收集2对肝癌组织和对应的癌旁组织,提取总RNA,并与基因芯片行杂交检测,分析得到差异表达基因.使用DAVID数据库,对差异基因行GO功能注释和KEGG富集分析;应用String蛋白互作数据库分析差异表达基因的蛋白互作关系,构建蛋白互作网络并通过Cytoscape行可视化分析,运用网络分析插件CytoHubba筛选核心基因,最后结合TCGA (The Cancer Genome Atlas)数据库中肝癌基因表达数据,初步探究核心基因在肝癌中的表达情况.结果 按设定的标准,共筛选得到4 324个差异表达基因,上调表达的有2 552个,下调表达的有1 772个.GO分析显示差异基因主要参与血小板衍生生长因子结合、受体抑制剂和拮抗剂活性等相关的分子功能;KEGG富集分析提示这些基因与TGF-β、Rap1、PI3K-Akt以及趋化因子等信号通路相关.蛋白互作网络分析筛选得到6个核心基因,TCGA数据库验证发现核心基因DCN、COL1A1和COL1A2在肝癌组织中的表达存在显著差异(P＜0.000 1).结论 GO功能注释和KEGG富集分析揭示了肝癌潜在的发病机制,核心基因为肝癌的研究提供新方向,有可能成为肝癌诊断和治疗的潜在靶点.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	钱叶本	安徽医科大学第一附属医院普外科	65	350	11.0	14.0
2	陈朋	安徽医科大学第一附属医院普外科	8	62	4.0	7.0
3	江勇	安徽医科大学第一附属医院普外科	3	8	2.0	2.0
4	朱良	安徽医科大学第一附属医院普外科	4	8	2.0	2.0