消癌平对肝癌细胞HepG2差异表达基因及可变剪接的影响

• 作者: 占静 杨盛力 陈景三 魏柏
• 来源期刊: 胃肠病学和肝病学杂志
• 学科: 医学
• 关键词: 消癌平 肝癌 转录组测序 差异剪接基因 差异表达基因
• 年，卷（期）: 2019,（11）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 1206-1210
• 页数: 5页
• 分类号: R735.7
• 字数: 2839字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1006-5709.2019.11.002

摘要

目的 通过RNA-seq分析消癌平作用前后肝癌细胞HepG2的差异表达基因(differentially expressed genes,DEG)及可变剪接(alternative splicing,AS).方法 本研究以HepG2细胞作为对照组,以质量浓度为40 mg/L消癌平作用24 h后的肝癌细胞为实验组,利用Illumina HiSeq平台对实验组和对照组进行分析,使用PossionDis方法进行DEG检测,使用rMATS软件检测不同样品间的AS和差异剪接基因(differentially spliced genes,DSG),并利用基因本体(gene ontology,GO)对其功能进行分类及富集分析.结果 与对照组比较,消癌平作用后共得到DEG 608个,其中上调基因147个,下调基因461个.对照组发生AS 21 387个,消癌平使HepG2 AS减少到19 265个,且两组均以外显子(SE)跳跃最多而内含子(RI)保留最少为主.对差异表达的AS行GO富集分析,提示其中生物过程相关的22个,细胞成分相关13个,分子功能相关的有8个.结论 消癌平诱导HepG2产生的大量DEG及AS在抑制肝癌生长增殖过程中发挥作用.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	杨盛力	华中科技大学同济医学院附属协和医院肿瘤中心	66	239	8.0	12.0
2	占静	华中科技大学同济医学院附属梨园医院肿瘤科	12	7	1.0	1.0
3	陈景三	华中科技大学同济医学院附属梨园医院肿瘤科	11	42	4.0	6.0
4	魏柏	华中科技大学同济医学院附属梨园医院肿瘤科	26	70	4.0	7.0