利用网格计算加速基因大数据分析的方法实现

• 作者: 杨双浩
• 来源期刊: 计算机与现代化
• 学科: 工学
• 关键词: 网格计算 高性能计算集群 生物信息 高通量测序
• 年，卷（期）: 2019,（8）
• 所属期刊栏目: 高性能计算
• 页码范围: 85-91
• 页数: 7页
• 分类号: TP338.8
• 字数: 6931字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1006-2475.2019.08.016

摘要

为解决基因测序数据量大、数据分析时间长,搭建FPGA、GPU计算平台成本高昂且计算软件兼容不足的问题,运用分布式计算思想设计高通量测序数据分析架构Sequence Grid(SeqGrid).该架构安装centos开源操作系统,利用网格引擎Sun Grid Engine(SGE)、普通CPU、机械硬盘和SSD硬盘,通过并发调度生物信息软件bwa、GATK等实现数据分析.结果表明:单人全外显子组30 GB数据分析时间从15 h缩短至1 h,计算速度达到串行流程的15倍,有效提高了数据分析效率.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	杨双浩	北京大学信息科学技术学院	1	0	0.0	0.0