当前我国大部分医院财务管理系统的信息化进程较为落后,其原因是医院的财务管理系统效率低下、数据获取成本高、且处理不得当.针对传统医院财务管理决策系统存在的不足之处,结合当代最新的医院财务管理决策工作的发展趋势,并根据最新的数据分析思路,设计了基于B/S架构的医疗机构财务管理系统.通过对数据抓取、去噪与融合,使用规范数据模型(NORM DATA MODel,NDM)对采集的数据做优化处理.并基于J2EE体系开发了系统服务器,选择高性能的文档性数据库Mongo DB作为数据存储的方式.所提出的基于智能数据分析的医院财务管理决策系统,是对传统财务管理决策系统的完善和补充,具有较强的现实意义与应用价值.