牦牛DQA2基因单核苷酸多态性及其生物信息学分析

• 作者: 刘丽霞 姜涛 张丽 李倬 李耀东 王瑞 陈朗
• 来源期刊: 浙江大学学报（农业与生命科学版）
• 学科: 农学
• 关键词: 牦牛 DQA2基因 单核苷酸多态性位点 生物信息学
• 年，卷（期）: 2020,（3）
• 所属期刊栏目: 动物科学与动物医学
• 页码范围: 376-382
• 页数: 7页
• 分类号: S823.85|Q81
• 字数: 3592字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3785/j.issn.1008-9209.2019.06.211

摘要

利用基因组DNA混合池扩增产物直接测序的方法对55头牦牛DQA2基因的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)进行分析,并利用生物信息学软件预测分析了SNP位点对DQA2基因mRNA和蛋白质二级结构的影响.结果显示:牦牛DQA2基因多态性较高,共检测到14个SNP位点,仅有1个SNP位点位于内含子1上,其余13个均位于外显子区域,其中,9个SNP位点为错义突变,导致相应氨基酸发生改变.二级结构预测结果表明:8个SNP位点增大了mRNA二级结构的稳定性,4个位点降低了mRNA二级结构的稳定性.错义突变SNP位点均改变了牦牛DQA2蛋白质二级结构,突变前后二级结构各组分中无规则卷曲所占比例最高,其次为延伸链,β-转角的比例最低.研究结果为探究牦牛主要组织相容性复合体(major histocompatibility complex,MHC)基因的致病机制和免疫机制提供了有利条件,也为筛选牦牛抗病分子标记提供了理论基础.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	李倬	西北民族大学生命科学与工程学院	43	197	7.0	12.0
2	刘丽霞	西北民族大学生命科学与工程学院	60	132	6.0	9.0
3	张丽	西北民族大学生命科学与工程学院	53	105	5.0	6.0
4	陈朗	西北民族大学生命科学与工程学院	10	5	2.0	2.0
5	姜涛	西北民族大学生命科学与工程学院	3	0	0.0	0.0
6	王瑞	西北民族大学生命科学与工程学院	5	13	3.0	3.0
7	李耀东	西北民族大学生命科学与工程学院	4	3	1.0	1.0