罗中链霉菌耐碱菌株一新亚种的多相分类及基因组分析

• 作者: 张利莉 李鑫 罗晓霞
• 来源期刊: 塔里木大学学报
• 学科: 生物学
• 关键词: 链霉菌 分类 鉴定 基因组预测
• 年，卷（期）: 2020,（2）
• 所属期刊栏目: 生物资源
• 页码范围: 1-9
• 页数: 9页
• 分类号: Q-9
• 字数: 4843字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1009-0568.2020.02.001

摘要

耐碱微生物是新天然产物的重要来源,TRM49041是从新疆罗布泊地区渠沟沉积物中分离的一株耐碱菌株,可在pH8～10环境下正常生长.为探究该菌株分类学地位及代谢潜能,本研究从菌株形态特征、基因型特征、生理生化特征以及化学特征等方面对其进行鉴定,同时,对该菌株进行全基因组测序及分析.结果表明其具有链霉菌的典型特征,与罗中链霉菌相似,但又有明显区别,根据其特性确定为罗中链霉菌的新亚种,命名为罗中链霉菌耐碱亚种(Streptomyces luozhongensis subsp.alka?litolerant);其基因组全长为7019135 bp,共编码6212个基因,GC含量为73.99％;通过antiSMASH预测分析,发现其中存在27个潜在的次级代谢产物生物合成基因簇,具有产生链霉素、衣霉素、星孢菌素、Ikarugamycin、JBIR-126和尼日利亚菌素的潜力,是一株新型化合物挖掘的候选菌株.菌株的鉴定及基因组分析为丰富物种资源库及次级代谢产物的深度挖掘奠定了理论基础.