结合自由能微扰积分法及其在药物研发中的应用

• 作者: 刘永宏 刘锴 甘雨满
• 来源期刊: 广西科学
• 学科: 化学
• 关键词: 分子动力学模拟 自由能计算 微扰积分法 热力学循环 药物设计
• 年，卷（期）: 2020,（5）
• 所属期刊栏目: 综述类
• 页码范围: 493-502
• 页数: 10页
• 分类号: O641
• 语种: 中文
• DOI: 10.13656/j.cnki.gxkx.20201214.007

摘要

以分子动力学为基础的泊松-玻尔兹曼(或广义玻恩)分子表面法(Molecular Mechanics/Poisson-Boltz-mann(or Generalized Born)Surface Area,MM/PB(GB)SA)在药物研发过程中取得巨大成功.与MM/PB(GB)SA计算相比,结合自由能微扰积分法通过构建严谨的热力学循环,可对结合自由能进行精确计算,但因为其计算量巨大,所以在实际中应用相对较少.近年来,随着高性能计算机的发展和动力学模拟技术的革新,基于结合自由能微扰积分法的结合自由能计算逐渐成为研究热点.本文简要介绍了以分子动力学为基础的结合自由能微扰积分法的计算过程及其相关联的限制势增强动力学采样技术,并通过具体的实例展现结合自由能微扰积分法在药物研发中的应用前景.