乳腺癌HLA-A2限制性新抗原表位的生物信息学分析

• 作者: 俞金龙 冯海湛 史福军 周炜均 张普生 朱卉娟 李玉华 游紫聪 罗云峰 翁俊彦 邓鉴文
• 来源期刊: 中国肿瘤生物治疗杂志
• 学科: 医学
• 关键词: 乳腺癌 新抗原 HLA-A2 二代测序
• 年，卷（期）: 2020,（4）
• 所属期刊栏目: 临床研究
• 页码范围: 427-432
• 页数: 6页
• 分类号: R737.9|R730.51
• 语种: 中文
• DOI: 10.3872/j.issn.1007-385x.2020.04.014

摘要

目的:通过生物信息学方法筛选乳腺癌HLA-A2限制性新抗原候选表位,寻找乳腺癌新抗原高频突变位点.方法:利用NCBI、GDC数据库,从已报道的文献与测序数据中寻找乳腺癌单核苷酸变异形成的错义突变位点,通过HLA-A2抗原表位预测网站BIMAS、SYFPEITHI与基于人工神经网络的NetMHC4.0预测新抗原表位,剔除TAP结合力低于Intermediate的表位,按突变频率与预测结果对候选表位进行优先级排序.结果:使用上述方法共筛选出了BTLA、ERBB2、NBPF12等17个相对高频突变基因,共26个新抗原表位,不同表位BIMAS、SYFPEITHI预测结合力有较大差异(P＜0.05),高优先级表位如GSTP1(A114V,突变频率5.94％)、BRCA2(N991H,突变频率5.40％)等有望成为新抗原候选位点,但其突变频率较低,难以做到真正的“通用”,其作为乳腺癌通用新抗原疫苗表位的可能性较小.结论:乳腺癌共有突变低于其他肿瘤,寻找“通用”乳腺癌新抗原表位较为困难;“个体化”新抗原疫苗也许更有前景,但仍需要进一步研究来证实.