基于转录组数据的珠子参WRKY转录因子序列分析

• 作者: 左天 张瑞 张祚 张绍鹏 蒋鹏
• 来源期刊: 武汉轻工大学学报
• 学科: 生物学
• 关键词: 珠子参 转录组 WRKY 转录因子
• 年，卷（期）: 2020,（4）
• 所属期刊栏目: 科学研究
• 页码范围: 32-37,58
• 页数: 7页
• 分类号: Q943
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.2095-7386.2020.04.006

摘要

珠子参作为一种珍稀药用植物,可以为我们提供珍贵的药物资源,而作为高等植物中最大转录因子之一的WRKY转录因子在珠子参中的研究鲜有报道.主要分析珠子参WRKY转录因子序列,首先从珠子参转录组数据中筛选出长度大于500 bp的WRKY基因,然后进行保守结构域分析,同时用这些序列与珠子参所含成分相似的人参属植物人参、三七、西洋参的WRKY转录因子进行多序列比对,可以预测序列之间的结构和功能,然后做系统发育分析,分析序列之间的同源关系,最后将具有WRKY保守结构域的序列与珠子参茎节与节间总差异表达中筛选出交集,将交集基因及其差异表达数据绘制出热图,可以得到各差异表达基因的关系及基因表达水平.结果显示,72条珠子参WRKY转录因子序列中共有45条序列具有WRKY保守结构域,其中包含8个I组WRKY转录因子、2个Ⅲ组WRKY转录因子、32个Ⅱ组WRKY转录因子,剩余3个锌指结构缺失的WRKY转录因子.从进化关系来看,其中有6个珠子参WRKY转录因子跟人参、西洋参、三七的亲缘关系比较近.从差异表达基因来看,大多数WRKY基因在珠子参的根茎的茎节中的表达水平较高,而在根茎的节间中WRKY基因表达水平较低.研究结果将为理解WRKY转录因子在珠子参根茎发育和皂苷合成过程中的作用提供理论依据.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	张瑞		4	3	1.0	1.0
2	张绍鹏		16	23	2.0	4.0
3	张祚		5	0	0.0	0.0
4	左天		7	1	1.0	1.0
5	蒋鹏		3	0	0.0	0.0