玉米pTAC2影响苗期叶片叶绿素合成的转录组分析

• 作者: 丁冬 万炯 孟淑君 张稳 林源 汤继华 王琪月 马拴红
• 来源期刊: 中国农业科学
• 关键词: 玉米 叶绿素 ZmpTAC2 RNA-seq 基因表达调控
• 年，卷（期）: 2020,（5）
• 所属期刊栏目: 作物遗传育种·种质资源·分子遗传学
• 页码范围: 874-889
• 页数: 16页
• 字数: 10384字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3864/j.issn.0578-1752.2020.05.002

摘要

[目的]叶绿素是参与光合途径最为重要的光合色素.叶绿体的发育及叶绿素的合成在很大程度上依赖于质体基因组与核基因组之间的双向信号传导来精确协调基因表达.通过对白化表型的CRISPR/Cas9-ZmpTAC2转基因阳性纯合突变材料进行RNA-seq研究,筛选和鉴定参与叶绿素合成的相关基因,为明确叶绿素的合成途径奠定基础.[方法]以CRISPR/Cas9-ZmpTAC2玉米转基因编辑纯合突变株系为研究材料,使用透射电镜观察叶绿体超微结构和分光光度法测定叶片叶绿素含量,确定叶绿体发育状态及叶绿素合成情况.对转基因阴性材料(CK)和CRISPR/Cas9-ZmpTAC2转基因纯合编辑材料(zmptac2)苗期叶片取样进行转录组测序.通过生物信息学分析,寻找CK与zmptac2间差异表达的基因;qRT-PCR对差异表达基因进行验证.通过酵母双杂交筛选与玉米pTAC2互作的蛋白质.[结果]共获得15株T0转基因植株,包括绿色植株(7株)和白色植株(8株).绿色幼苗中3株为转基因阴性材料,4株为转基因阳性(2株为未编辑,2株为杂合编辑突变),白色植株(8株)均为转基因阳性纯合编辑.与CK相比,突变体(zmptac2)叶绿体发异常,叶绿素含量显著降低.RNA-seq的结果显示,CK与zmptac2之间共检测到1 367个基因差异表达,其中618个基因上调表达(zmptac2/CK),749个基因下调表达(zmptac2/CK).GO富集分析显示,下调基因显著富集到叶绿体和质体中.KEGG分析表明下调表达基因显著富集在苯丙氨酸代谢、酪氨酸代谢和异喹啉生物碱生物合成等途径.选取的15个差异基因表达模式均与测序数据相一致,表明测序结果是可靠的.与CK相比,zmptac2中依赖PEP (plastid-encoded RNA polymerase)转录的基因表达量显著降低,而依赖NEP (nuclear gene-encoded RNA polymerase)转录的基因表达量则显著上升.通过对玉米cDNA文库筛选和互作验证,鉴定出ZmpTAC3与ZmpTAC2存在互作.[结论]ZmpTAC2突变会导致叶绿体早期生物合成受阻,该基因参与叶绿体发育及叶绿素合成,且该种作用是由ZmpTAC2调控PEP相关基因表达而实现的.