不同统计分析模型在大豆菌核病GWAS中的应用

• 作者: FRAN?OIS Belzile 周婉莹 张羽
• 来源期刊: 生物学杂志
• 学科: 生物学
• 关键词: 测序 SNP-Trait Haplotype-Trait 全部样本 极端类型
• 年，卷（期）: 2020,（4）
• 所属期刊栏目: 技术方法
• 页码范围: 96-100
• 页数: 5页
• 分类号: Q811.4
• 字数: 4152字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.2095-1736.2020.04.096

摘要

以126个大豆品系的Illumina Hiseq2000测序后的SNPs数据和对大豆主茎接种菌核病菌丝后病斑长度的表型值为例,利用2种方法(全部样本和极端类型)进行基于单个SNP-Trait和Haplotype-Trait的关联分析.结果表明:在α≤0.05时,MAF取值0.01、0.05和0.1的基因型-表型关联结果完全一致,MAF取值0.25的关联结果与前3个MAF取值关联结果有所区别,但在同一染色体上的关联位点相同,且每条染色体上的峰值SNP都出现在相应的Haplotype中;基于全部样品和极端表型的关联在PLINK v1.07和HAPLOVIEW4.2里分析结果差异较小;单个SNP-Trait和Haplotype-Trait的显著关联结果有差异,但较强关联差异较小.找到与大豆Sclerotinia sclerotiorum抗性有关的一些潜在的显著SNP位点和相关基因.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	周婉莹	陕西理工大学生物科学与工程学院	1	0	0.0	0.0