达氏鲟自噬基因MAP1LC3B克隆及其组织表达分析

• 作者: 张书环 李由申 胡伟 袁汉文 许巧情 郭慧芝 陈敦学 韩盼盼
• 来源期刊: 南方农业学报
• 关键词: 达氏鲟 自噬 微管相关蛋白1A/1B轻链3B(MAP1LC3B) GABARAP泛素结构域 抗病机制
• 年，卷（期）: 2020,（2）
• 所属期刊栏目: 水产科学
• 页码范围: 445-452
• 页数: 8页
• 分类号: S965.215
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.2095-1191.2020.02.026

摘要

[目的]掌握达氏鲟微管相关蛋白1A/1B轻链3B基因(MAP1LC3B)的表达模式,为后续研究MAP1LC3B基因功能及揭示达氏鲟的抗病分子机制提供理论依据.[方法]采用RACE技术从达氏鲟组织中克隆MAP1LC3B基因,通过ProtParam、TMpred、Phyre2及Singal 4.1等在线软件进行生物信息学分析,同时借助实时荧光定量PCR检测MAP1LC3B基因在达氏鲟不同组织中的表达情况.[结果]达氏鲟MAP1LC3B基因cDNA序列全长2208 bp,包含378 bp的开放阅读框(ORF)、202 bp的5'端非编码区(5'-UTR)和1628 bp的3'端非编码区(3'-UTR),编码125个氨基酸.MAP1LC3B氨基酸序列含有GABARAP泛素结构域、Agt7结合位点、脂化位点和维管束蛋白结合位点.达氏鲟MAP1LC3B蛋白由18种氨基酸组成,其中谷氨酸(Glu)含量最高(占9.6％)、丙氨酸(Ala)含量最低(占1.6％);蛋白分子量为14743.01 Da,理论等电点(pI)为8.92,不稳定系数为65.12,总平均亲水性为-0.484,是一种不稳定的疏水性蛋白,且不存在跨膜结构,也无信号肽序列.MAP1LC3B基因在达氏鲟鳃、脑、皮肤、头肾、前肾、脾脏、中肾、心脏和肠道等组织中均有表达,以在鳃和肠道组织中的相对表达量较高,显著高于在其他组织中的相对表达量(P<0.05).[结论]达氏鲟MAP1LC3B基因具有较高的保守性,在鳃和肠道黏膜免疫组织中高表达,表明自噬参与达氏鲟黏膜免疫过程,调节机体免疫反应.