多序列比对算法族的形式化设计与生成

• 作者: 张旭初 石海鹤
• 来源期刊: 计算机工程与科学
• 学科: 工学
• 关键词: 多序列比对算法 特征模型 产生式编程 算法构件 PAR平台
• 年，卷（期）: 2020,（8）
• 所属期刊栏目: 软件工程
• 页码范围: 1383-1392
• 页数: 10页
• 分类号: TP301.6
• 字数: 6930字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1007-130X.2020.08.008

摘要

多序列比对问题是生物信息学研究的重要部分,是解决物种进化关系、基因组序列分析等问题的基础.多序列比对算法具有很高的专用性,不同的算法适用于不同的研究环境.目前常用的多序列比对软件是在生物信息学理论指导下利用多个子算法装配形成的,而现有的研究主要针对特定算法的特定步骤进行优化,缺乏领域层次高抽象性的算法框架研究,致使多序列比对算法较为繁杂且冗余过多.根据产生式编程以及软件复用的思想,分析了多序列比对算法族MSAA的特征,设计了相应的泛型算法构件并刻画了构件间的交互关系,进一步借助PAR平台形式化构建了MSAA构件库,提高了装配算法的可靠性和组装灵活性,便于研究人员的维护和优化.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	石海鹤	江西师范大学计算机信息工程学院	18	111	6.0	10.0
2	张旭初	江西师范大学计算机信息工程学院	1	0	0.0	0.0