一种快速准确区分Ⅲ型、Ⅳ型分泌效应蛋白的计算方法

• 作者: 余乐正 李益洲 杨庆 柳凤娟 陈倩
• 来源期刊: 四川大学学报（自然科学版）
• 学科: 化学
• 关键词: 革兰氏阴性菌 分泌效应蛋白 支持向量机 位置特异性得分矩阵 留一法
• 年，卷（期）: 2020,（4）
• 所属期刊栏目: 化学
• 页码范围: 781-785
• 页数: 5页
• 分类号: O604
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.0490-6756.2020.04.025

摘要

通过Ⅲ型、Ⅳ型、Ⅵ型分泌系统,革兰氏阴性菌可将效应蛋白直接注入宿主体内,并导致宿主感染各种疾病.由于Ⅲ型、Ⅳ型分泌效应蛋白均属非经典分泌蛋白,且它们可能具有相似的序列模体或进化保守性,故两者之间难于区分.基于支持向量机和伪位置特异性得分矩阵,本文提出了一种可快速准确识别革兰氏阴性菌Ⅲ型、Ⅳ型效应蛋白的计算方法.测试集实验结果表明,本方法对Ⅲ型、Ⅳ型效应蛋白具有较好的分类效果,可作为辅助工具用于分泌效应蛋白的进一步研究.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	陈倩		50	125	6.0	9.0
2	杨庆		88	586	12.0	21.0
3	李益洲		10	18	3.0	4.0
4	余乐正		5	9	2.0	3.0
5	柳凤娟		1	0	0.0	0.0