利用选择性清除方法鉴定牛繁殖性状相关的候选基因

• 作者: 吕世杰 张子敬 张松山 徐照学 施巧婷 王二耀 王李辉 陈付英
• 来源期刊: 河南农业科学
• 学科: 农学
• 关键词: 郏县红牛 中国荷斯坦奶牛 繁殖性状 选择性清除 遗传分化系数
• 年，卷（期）: 2020,（7）
• 所属期刊栏目: 畜牧·兽医
• 页码范围: 133-138
• 页数: 6页
• 分类号: S823
• 字数: 3856字
• 语种: 中文
• DOI: 10.15933/j.cnki.1004-3268.2020.07.018

摘要

为探究与牛繁殖性状相关的候选基因组区域和候选基因,采集97头郏县红牛和32头中国荷斯坦奶牛母牛血样并提取基因组DNA,利用简化基因组测序(SLAF-seq)技术获得了其全基因组SNP标记及个体基因型.通过计算各SNP位点的遗传分化系数(Fst)和核苷酸多态性(πratio),利用选择性清除方法筛选2个品种间差异的基因组区域,并与动物QTL数据库中牛繁殖性状相关QTLs进行比对,将重合区域作为候选区域.在Animal Omics Database数据库中查看候选区域内基因在母牛繁殖相关组织中的表达情况,将表达量高(FPKM>10)的基因优先作为候选基因.结果显示,根据Fst值和 πratio值的99％分位数(Fst>0.390,πratio>1.49)筛选得到了42个品种间高度差异的基因组区域,其中11个基因组区域与繁殖性状QTL重合.其中,9个基因在卵巢、输卵管壶腹部或黄体中表达(FPKM>1).CFDP1、CFDP2和FAM204A基因在各组织中均高表达(FPKM>10).以上结果提示,CFDP1、CFDP2和FAM204A基因可优先作为牛繁殖性状相关候选基因.