利用简化基因组测序筛选安格斯牛生长相关的受选择基因

• 作者: 吕世杰 张子敬 徐照学 施巧婷 朱肖亭 柏中林 楚秋霞 王二耀 辛晓玲 金磊 陈付英
• 来源期刊: 畜牧兽医学报
• 学科: 农学
• 关键词: 南阳牛 生长性状 候选基因 选择性清除 遗传分化系数
• 年，卷（期）: 2020,（4）
• 所属期刊栏目: 遗传育种
• 页码范围: 713-721
• 页数: 9页
• 分类号: S823.2
• 字数: 5075字
• 语种: 中文
• DOI: 10.11843/j.issn.0366-6964.2020.04.007

摘要

旨在探究安格斯牛生长相关的受选择基因,为肉牛生长相关主效基因的鉴定提供参考.本试验共采集72头南阳牛母牛和14头黑安格斯牛母牛血样并提取基因组DNA.利用SLAF seq(specific locus amplified fragment sequencing)技术获得全基因组SNP标记并对试验个体基因型进行分型.通过计算各SNP位点的遗传分化系数(Fst值)和核苷酸多态性(π ratio)筛选两品种间的差异基因组区域,并与动物QTL数据库中牛生长性状QTLs进行比对,重合区域作为候选区域.随后对候选区域内基因进行功能注释以筛选候选基因,并根据“Expression Atlas”数据库对候选基因的组织表达情况进行分析.经筛选后,本试验共得到69 762个SNPs,以Fst值和7π ratio值的99％分位数为阈值筛选得到33个两品种间高度差异的基因组区域,其中16个基因组区域与生长性状相关QTLs重合.这些区域共包含27个基因,其中4个基因(FXR1、ADAR、IGF1和MNF1)与骨生长、肌肉发育和生长调控有关.FXR1和MNF1均在骨骼肌组织中高表达,ADAR和IGF1分别在脑组织和肝脏中表达最高.结果 提示,IGF1基因可作为影响肉牛生长的关键候选基因,FXR1、ADAR、MNF1基因可优先进行进一步验证研究.