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基于GEO数据库探索成釉细胞瘤与牙源性角化囊肿间差异基因
基于GEO数据库探索成釉细胞瘤与牙源性角化囊肿间差异基因
作者:
兰天俊
刘鑫
陈之锋
基本信息来源于合作网站,原文需代理用户跳转至来源网站获取
GEO数据库
成釉细胞瘤
牙源性角化囊肿
差异基因
生物信息学分析
摘要:
目的 探索成釉细胞瘤与牙源性角化囊肿间的差异基因,并进一步分析其功能,最终探寻成釉细胞瘤侵袭生长的机制.方法 从GEO数据集下载基因芯片数据GSE38494,运用R语言中的LIMMA数据包进行成釉细胞瘤和牙源性角化囊肿间的差异基因分析.借助DAVID数据库对差异基因进行GO分析和KEGG通路富集分析.STRING网站进行差异基因PPI网络构建,Cytoscape软件对其结果进行可视化,并使用MCODE插件筛选其中的关键基因.结果 通过分析,我们获得了335个差异基因.GO分析表明差异基因主要影响神经元分化、细胞粘附、生物粘附、与分化有关的细胞形态发生、细胞形态发生、细胞命运锁定等生物过程;富集的细胞组成主要是细胞外区、细胞外基质、细胞外组分、蛋白质类细胞外基质、细胞外基质结构的构成、突触等;富集的分子功能主要参与碳水化合物结合、肝素结合和转录因子活性等.KEGG通路分析发现差异基因主要参与细胞外基质-受体相互作用、轴突导向和癌症通路等信号通路.8个关键基因为SPARCL1、SERPINA1、ITIH2、IGFBP5、LAMB1、C3、GOLM1、FAM20A.结论 利用生物信息学筛选出成釉细胞瘤和牙源性角化囊肿间的差异基因.8个关键基因有望成为两者之间鉴别诊断的新标志物,并为成釉细胞瘤的研究提供了新思路.
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篇名
基于GEO数据库探索成釉细胞瘤与牙源性角化囊肿间差异基因
来源期刊
口腔医学
学科
医学
关键词
GEO数据库
成釉细胞瘤
牙源性角化囊肿
差异基因
生物信息学分析
年,卷(期)
2020,(11)
所属期刊栏目
临床研究
研究方向
页码范围
1009-1014
页数
6页
分类号
R739.82
字数
语种
中文
DOI
10.13591/j.cnki.kqyx.2020.11.009
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牙源性角化囊肿
差异基因
生物信息学分析
研究起点
研究来源
研究分支
研究去脉
引文网络交叉学科
相关学者/机构
期刊影响力
口腔医学
主办单位:
南京医科大学口腔医学院
出版周期:
月刊
ISSN:
1003-9872
CN:
32-1255/R
开本:
大16开
出版地:
江苏南京市汉中路136号
邮发代号:
28-78
创刊时间:
1981
语种:
chi
出版文献量(篇)
5685
总下载数(次)
21
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