基于GEO数据库探索成釉细胞瘤与牙源性角化囊肿间差异基因

• 作者: 兰天俊 刘鑫 陈之锋
• 来源期刊: 口腔医学
• 学科: 医学
• 关键词: GEO数据库 成釉细胞瘤 牙源性角化囊肿 差异基因 生物信息学分析
• 年，卷（期）: 2020,（11）
• 所属期刊栏目: 临床研究
• 页码范围: 1009-1014
• 页数: 6页
• 分类号: R739.82
• 语种: 中文
• DOI: 10.13591/j.cnki.kqyx.2020.11.009

摘要

目的 探索成釉细胞瘤与牙源性角化囊肿间的差异基因,并进一步分析其功能,最终探寻成釉细胞瘤侵袭生长的机制.方法 从GEO数据集下载基因芯片数据GSE38494,运用R语言中的LIMMA数据包进行成釉细胞瘤和牙源性角化囊肿间的差异基因分析.借助DAVID数据库对差异基因进行GO分析和KEGG通路富集分析.STRING网站进行差异基因PPI网络构建,Cytoscape软件对其结果进行可视化,并使用MCODE插件筛选其中的关键基因.结果 通过分析,我们获得了335个差异基因.GO分析表明差异基因主要影响神经元分化、细胞粘附、生物粘附、与分化有关的细胞形态发生、细胞形态发生、细胞命运锁定等生物过程;富集的细胞组成主要是细胞外区、细胞外基质、细胞外组分、蛋白质类细胞外基质、细胞外基质结构的构成、突触等;富集的分子功能主要参与碳水化合物结合、肝素结合和转录因子活性等.KEGG通路分析发现差异基因主要参与细胞外基质-受体相互作用、轴突导向和癌症通路等信号通路.8个关键基因为SPARCL1、SERPINA1、ITIH2、IGFBP5、LAMB1、C3、GOLM1、FAM20A.结论 利用生物信息学筛选出成釉细胞瘤和牙源性角化囊肿间的差异基因.8个关键基因有望成为两者之间鉴别诊断的新标志物,并为成釉细胞瘤的研究提供了新思路.