基于GEO数据库筛选垂体泌乳素瘤发生的关键差异基因

• 作者: 张扬 杨波 郑诗豪 陈忠仪 黄绍崧 黄绳跃
• 来源期刊: 中国实用神经疾病杂志
• 学科: 医学
• 关键词: 垂体泌乳素瘤 GEO数据库 基因 生物信息学 肿瘤发生发展
• 年，卷（期）: 2020,（7）
• 所属期刊栏目: 论著 临床诊治
• 页码范围: 570-575
• 页数: 6页
• 分类号: R739.6
• 字数: 3974字
• 语种: 中文
• DOI: 10.12083/SYSJ.2020.07.099

摘要

目的 利用GEO数据库探究泌乳素瘤发生发展过程中的差异基因及潜在的相互作用机制,为泌乳素瘤的研究和治疗提供新的靶点.方法 挑选GEO数据库GSE119063为研究对象,使用R语言筛选出芯片中的差异基因,利用筛选出的基因进行功能富集分析,构建蛋白质互相作用网络图,探究泌乳素瘤发生发展的相关机制.结果 筛选出泌乳素瘤与正常垂体组织之间的差异基因279个,其中表达上调基因23个,表达下调基因256个.基因本体(gene ontology,GO)富集分析显示,差异基因主要分布于细胞外基质、内质网内腔等细胞结构,主要参与生殖、感官及视觉系统的发育、受体配体活动、生长因子活性、跨膜受体蛋白酪氨酸激酶活性等分子功能.通过对京都基因与基因百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genonmes,KEGG)通路富集分析发现,差异基因主要在TGF-β信号通路、干细胞多能性调控信号通路、视黄醇新陈代谢通路等通路上富集.通过蛋白质互相作用网络,进一步挖掘得到可能参与垂体瘤发生发展的20个关键基因,包括SOX2、PAX6、SOX9、POMC等.结论 本研究筛选得到SOX2、PAX6、SOX9、POMC等垂体泌乳素瘤发生的关键差异基因,并发现其主要通过影响TGF-β信号通路,从而影响泌乳素瘤的发生发展,可为后续泌乳素瘤的基础研究和治疗提供新靶点.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	黄绳跃		52	171	7.0	12.0
2	杨波		10	44	5.0	6.0
3	黄绍崧		12	79	3.0	8.0
4	郑诗豪		6	8	2.0	2.0
5	张扬		6	3	1.0	1.0
6	陈忠仪		16	27	3.0	4.0