基于全基因组测序技术分析深圳市人民医院2008—2016年碳青霉烯类耐药大肠埃希菌的耐药基因及分子流行病学特征

• 作者: 卢月梅 吴劲松 吴文苑 林豪芸 梁训宏 胡珍
• 来源期刊: 中华检验医学杂志
• 关键词: 卡巴配能类 大肠杆菌 β-内酰胺酶类 耐碳青霉烯类肠杆菌科 全基因组测序 分子流行病学
• 年，卷（期）: 2020,（11）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 1086-1092
• 页数: 7页
• 语种: 中文
• DOI: 10.3760/cma.j.cn114452-20191211-00718

摘要

目的:用全基因组测序技术分析深圳市人民医院2008—2016年碳青霉烯类耐药大肠埃希菌（CR-ECO）的耐药基因构成情况及相关分子流行病学特征。方法:收集深圳市人民医院2008年1月1日至2016年12月31日的CR-ECO菌株，采用改良碳青霉烯类失活法和EDTA碳青霉烯类失活法进行表型确证，并采用llumina HiSeq进行二代测序，分析其耐药基因及相关分子生物学特征。结果:共收集CR-ECO非重复菌株16株，经过全基因组测序发现携带IMP-4基因5株，IMP-26基因1株，NDM-1基因1株，NDM-5基因4株，NDM-13基因2株。16株菌株中检测出AmpC酶和（或）超广谱β内酰胺酶（ESBL）基因及各类外排泵基因，11株CR-ECO出现OmpC膜孔蛋白基因缺失；多位点序列分型、血清学分型呈多样化。结论:深圳市人民医院2008—2016年CR-ECO的耐药机制主要以产IMP型或NDM型碳青霉烯酶同时合并AmpC酶和（或）ESBL为主。利用全基因组测序可快速了解菌株在基因水平上的分子生物学信息。