碱胁迫下榆叶梅差异基因表达分析

• 作者: 刘佳 田云 邓家林
• 来源期刊: 核农学报
• 关键词: 榆叶梅 碱胁迫 差异表达基因
• 年，卷（期）: 2020,（7）
• 所属期刊栏目: 植物诱变育种·农业生物技术
• 页码范围: 1397-1408
• 页数: 12页
• 字数: 9901字
• 语种: 中文
• DOI: 10.11869/j.issn.100-8551.2020.07.1397

摘要

为了解榆叶梅(Prumus triloba Lindl.)在短期碱胁迫下的分子响应机制,本研究采用IlluminaHiSeqTM2500高通量测序技术对其在0、1、3、6、12 h碱胁迫下的叶片进行了de novo转录组测序,以此鉴定与碱胁迫相关的差异表达基因(DEGs).结果 表明,从5 960万条raw reads中获得了约5 300万条高质量clean reads,经从头组装后获得了124 786条榆叶梅unigenes.基于8 948个unigenes差异表达(DEGs),GO富集分析发现,其中有28个基因可能在早期碱胁迫响应机制中起着重要作用;KEGG富集分析发现,不同碱处理时间下的KEGG途径(pathways)具有显著差异.对7个碱性胁迫反应相关基因进行RT-qPCR验证,所得基因的表达模式与RNA-Seq数据结果一致,证实了RNA-Seq结果的可靠性.本研究首次对碱胁迫下的榆叶梅叶片进行了转录组分析,获得的序列数据极大地丰富了榆叶梅可利用的基因资源,深入了解了榆叶梅碱胁迫的分子响应机制,同时为研究以榆叶梅为砧木的中国李(Prunus salicina)在碱胁迫下的适应机制奠定了分子研究基础.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	邓家林	四川省农业科学院园艺研究所	33	476	8.0	21.0
3	刘佳	四川省农业科学院园艺研究所	22	86	6.0	9.0
5	田云	四川省农业科学院园艺研究所	4	4	1.0	2.0