内蒙古锡林郭勒冬季放牧蒙古牛肠道微生物多样性和功能预测分析

• 作者: 何利娜 刘波 崔银雪 张剑 张晨 敖日格乐 斯木吉德 王纯洁 阿日查 陈浩
• 来源期刊: 中国农业大学学报
• 学科: 农学
• 关键词: 蒙古牛 季节 肠道菌群 高通量测序
• 年，卷（期）: 2020,（10）
• 页码范围: 106-117
• 页数: 12页
• 分类号: S823.9+4
• 语种: 中文
• DOI: 10.11841/j.issn.1007-4333.2020.10.11

摘要

为探究内蒙古锡林郭勒冬季放牧蒙古母牛肠道微生物组成及其功能,采集同一地区冬季(11、12月和次年1月)放牧蒙古母牛(各20头)直肠粪便样品,利用16S rRNA测序技术对其肠道菌群多样性进行分析及PICRUSt(Phylogenetic investigation of communities by reconstruction of unobserved states,PICRUSt)功能预测.结果 显示,60份样品平均每样品测得90 075条序列,通过聚类共获得3 975个操作分类单元(Operational taxonomic units,OTU),84.60％的OTU注释到门水平;29.56％的OTU注释到属水平;在门水平和属水平,冬季放牧蒙古牛肠道中优势物种分别为厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、拟杆菌属(Bacteroides)和艾克曼菌属(Akkermansia);随着天气逐渐变冷,食物短缺,蒙古牛肠道中厚壁菌门(Firmicutes)减少,而拟杆菌门(Bacteroidetes)增多;聚类分析发现,11月和12月蒙古牛肠道微生物群落较为相似,而与次年1月相比有明显差异;PICRUSt功能预测发现,随着天气逐渐变冷,免疫系统、环境适应性及细胞运动性相关通路丰度降低,氨基酸代谢通路丰度增加.综上,蒙古牛肠道菌群在适应食物短缺的冬季发挥着重要作用.