鸭疫里默杆菌表型相关基因在重庆、四川分离株中的分布及遗传多样性分析

• 作者: 李德龙 陈学情 陈思怀 高继业 黄伟 黎容红
• 来源期刊: 中国兽医学报
• 学科: 农学
• 关键词: 鸭疫里默杆菌 基因组 生物表型 遗传学多样性
• 年，卷（期）: 2020,（7）
• 所属期刊栏目: 预防兽医学
• 页码范围: 1311-1318
• 页数: 8页
• 分类号: S852.61
• 语种: 中文
• DOI: 10.16303/j.cnki.1005-4545.2020.07.09

摘要

为研究鸭疫里默杆菌(R.anatipestifer)表型相关基因在四川、重庆地区分离株中的分布及遗传多样性,探讨其致病力发生差异的分子基础及可能机制,以分离自鸭、鹅的22株鸭疫里默杆菌为对象,采用PCR方法检测细胞壁相关水解酶(CWAH)、转录调节子(TR)、类脂A生物合成酰基转移酶(Lipid A)、插入元素蛋白IS1转座(IS1)、双组份转录调控因子(TCTR)、转录调控因子(LuxR1、LuxR2)、酰基-CoA还原酶(LuxC)、嗜好模块毒素(AMT)、协同溶血素(CAMP)、血凝素(Hema)、三磷酸甘油醛脱氢酶(GAPDH)、外膜蛋白A(OmpA)、热休克蛋白类似物(GroEL)、Ton依赖识别受体(TbdR1、TbdR2)、滑动性运动蛋白J(GldJ)、铁限制性依赖受体(DtxR)共计18个蛋白编码基因在分离菌株中的分布,并对阳性扩增基因进行测序和遗传多样性分析.使用CLC Genomics Workbench 6.5进行二代数据的基因组测序和拼接,将获得的血清Ⅰ型菌株RS、RC和血清Ⅱ型菌株RA的全基因组序列与GenBank登录序列进行比对分析.PCR检测结果显示,22个菌株均检测到OmpA、Lipid A、Hema、CAMP、TbdR1、TbdR2、DtxR的编码基因,鹅源分离株中未能检测到CWAH、AMT基因,而非致病性菌株DX1、YC1、YC2未能检测到LuxR1、LuxR2、GroEL、AMT、GAPDH基因.全基因组测序结果显示,RA、RC、RS菌株的基因组大小分别为2 129 862,2 172 619,2 067 830 bp,G+C含量分别为35.03％,35.09％,34.96％,蛋白编码基因数量分别为2 022,2 057,1 923.遗传多样性分析结果显示,阳性扩增基因序列与标准菌株ATCC1848相对应的序列的同源性均在93％以上,其中TCTR、GroEL、LuxR1、IS1、DtxR、TR、TbdR1、TbdR2基因在阳性菌株中的同源性均在96％以上,而CAMP、Hema基因则存在较强的遗传多样性;3株非致病菌株DX1、YC1、YC2的OmpA、LipidA、Hema、CAMP、TbdR1、TbdR2、DtxR基因与其他菌株的同源性均在95％以上.全基因组序列比对分析显示,血清Ⅰ型菌株RC与CH3、RA-CH-1处于同一分支,血清Ⅱ型菌株RA、RS与RA-GD、RA-SG、RA-YM、ATCC11845菌株属于同一分支,同为血清Ⅱ型的RA、RS RA-CH-2菌株处于不同的遗传节点上.以上研究结果表明,鸭疫里默杆菌基因组存在遗传学多样性,OmpA、CAMP为鸭疫里默杆菌的非必需毒力因子,且某些优势血清型表型基因在鸭疫里默杆菌群体中发生了缺失,推测鸭疫里默杆菌的毒力因子间可能存在协同作用和网络调控.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	高继业	西南大学动物科学学院	18	48	4.0	6.0
2	黄伟	西南大学动物科学学院	48	365	8.0	18.0
4	陈思怀	西南大学动物科学学院	21	39	3.0	5.0
5	李德龙	西南大学动物科学学院	6	2	1.0	1.0
6	黎容红		1	0	0.0	0.0
9	陈学情		1	0	0.0	0.0