基于高通量测序的技术检测梨树病毒

• 作者: 全绍文 周丽 杨洁萍 牛建新 覃阳 马丽
• 来源期刊: 新疆农业科学
• 学科: 农学
• 关键词: 梨 高通量测序 RT-PCR 病毒
• 年，卷（期）: 2020,（8）
• 所属期刊栏目: 植物保护·微生物·土壤肥料·农产品分析检测·草业
• 页码范围: 1503-1513
• 页数: 11页
• 分类号: S661.2|S129
• 语种: 中文
• DOI: 10.6048/j.issn.1001-4330.2020.08.015

摘要

[目的]研究运用基于高通量测序的技术检测梨树病毒,为梨树病毒的检测提供新方法.[方法]于2014年、2017年、2018年4月中旬采集库尔勒香梨花朵若干,分别进行转录组测序,将得到的序列经过转录本拼接、层次聚类和基因功能注释,筛选出注释为植物病毒的序列作为候选病毒序列.利用RT-PCR方法检测随机采集的香梨枝条样品,验证高通量测序结果的可靠性.[结果]根据3组转录组测序数据的生物信息学分析结果,分别对注释为来源于植物病毒的66、202和921条基因序列进行分析.3种梨树中已报道的病毒,分别是苹果茎痘病毒、苹果茎沟病毒和苹果褪绿叶斑病毒,以及梨树中未报道的芸薹黄化病毒.采用设计的特异性引物,通过RT-PCR技术对筛选出的4种病毒进行扩增验证,结果扩增出苹果茎痘病毒和苹果茎沟病毒的目的片段.[结论]高通量测序技术可作为检测梨树病毒的一种快速、有效手段.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	牛建新		74	762	17.0	23.0
2	马丽		12	154	6.0	12.0
3	杨洁萍		2	0	0.0	0.0
4	周丽		4	66	2.0	4.0
5	全绍文		5	1	1.0	1.0
6	覃阳		1	0	0.0	0.0