基于TCGA和Oncomine数据库前列腺癌关键基因的筛选

• 作者: 瞿根义 向茂林 徐勇 阳光 王佳威 汤乘
• 来源期刊: 浙江医学
• 关键词: 前列腺癌 关键基因 生物信息学
• 年，卷（期）: 2020,（24）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 2649-2652,2720
• 页数: 5页
• 语种: 中文
• DOI: 10.12056/j.issn.1006-2785.2020.42.24.2020-1015

摘要

目的 利用癌症和肿瘤基因图谱(TCGA)和Oncomine数据库筛选前列腺癌(PCa)的关键基因.方法 从TCGA数据库中下载PCa的RNA测序数据,包括PCa组织499例,癌旁正常组织52例.利用R软件筛选差异表达基因,采用DAVID、STRING数据库进行基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析并构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络;利用Cytoscape软件筛选PPI网络中连接程度前10位Hub基因,采用Oncomine数据库获取Hub基因与PCa相关数据,通过Meta分析获取关键基因.结果 最终筛选出PCa差异表达基因919个,其中表达上调基因424个,表达下调基因495个.GO分析显示,差异表达基因生物学过程主要富集于突触传递、细胞间信号传导、跨膜转运和细胞分化,细胞组成主要富集于细胞外空间、细胞外区域、质膜的组成部分和质膜,分子功能主要富集于序列特异性DNA结合、钙离子结合和结构分子活性;KEGG通路分析显示,差异表达基因主要富集于神经活性配体-受体相互作用、药物代谢-细胞色素P450和细胞色素P450代谢异种生物.PPI网络中前10位Hub基因分别是CDC20、CCNA2、BUB1B、HJURP、AURKB、TTK、KIF4A、MKI67、CENPA、NCAPH.最终筛选出PCa关键基因4个,分别是HJURP、KIF4A、CENPA、NCAPH.结论 基于TCGA和Oncomine数据库获取Pca关键基因4个,包括HJURP、KIF4A、CENPA、NCAPH.