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整合调控网络分析筛选骨髓增生异常综合征ABAT基因相关长链非编码RNA SET2-1及其对细胞增殖和凋亡的影响
整合调控网络分析筛选骨髓增生异常综合征ABAT基因相关长链非编码RNA SET2-1及其对细胞增殖和凋亡的影响
作者:
王倩
王小钦
陈燕珍
赵光杰
吴宛玲
李念夷
基本信息来源于合作网站,原文需代理用户跳转至来源网站获取
骨髓增生异常综合征(MDS)
长链非编码RNA
ABAT基因
基因芯片分析
共表达网络
摘要:
目的 构建具有骨髓增生异常综合征(myelodysplastic syndromes,MDS)特征的整合调控网络,从中筛选出调控ABAT(4-aminobutyrate aminotransferase)基因的长链非编码RNA(long non-coding RNA,LncRNA),并初步探讨其在MDS中的表达和功能.方法 采用甲基化芯片和全基因组表达谱基因芯片对MDS患者和对照者的骨髓标本进行差异基因筛选,将筛选出的差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs)、差异甲基化基因(differentially methylated genes,DEMs)、差异表达LncRNA(differentially expressed LncRNAs,DELs)进行整合分析,构建共表达调控网络,从中筛选出与ABAT基因具有相关性的LncRNA-SET2-1.采用qRT-PCR检测MDS患者和对照者骨髓标本中LncRNA-SET2-1和ABAT的表达水平,并在MDS转白细胞系SKM-1、急性白血病细胞系THP-1,以及对照细胞系HEK-293T中检测LncRNA-SET2-1的表达水平.建立稳定过表达LncRNA-SET2-1的SKM-1、THP-1细胞系,qRT-PCR检测ABAT表达变化、CCK-8法检测细胞增殖活力变化、流式细胞术检测细胞凋亡变化.并在ABAT敲减的SKM-1、THP-1细胞中检测LncRNA-SET2-1表达变化.结果 通过共表达调控网络分析,筛选得到LncRNA-SET2-1与ABAT的相关性最高.MDS患者及SKM-1、THP-1细胞中LncRNA-SET2-1和ABAT的表达水平均显著下调(P<0.0001).LncRNA-SET2-1过表达后,ABAT的表达量显著上调(P<0.01),而ABAT敲减后,LncRNA-SET2-1的表达量未发生显著变化.LncRNA-SET2-1过表达后,SKM-1、THP-1细胞的增殖活力显著下降,而凋亡细胞比例显著升高.结论 LncRNA-SET2-1可能为ABAT的上游调控分子.LncRNA-SET2-1在MDS患者和MDS转白细胞系中均异常低表达,具有抑制MDS转白细胞增殖活力及促进细胞凋亡的功能.
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文献信息
篇名
整合调控网络分析筛选骨髓增生异常综合征ABAT基因相关长链非编码RNA SET2-1及其对细胞增殖和凋亡的影响
来源期刊
复旦学报(医学版)
学科
医学
关键词
骨髓增生异常综合征(MDS)
长链非编码RNA
ABAT基因
基因芯片分析
共表达网络
年,卷(期)
2021,(1)
所属期刊栏目
论著
研究方向
页码范围
17-25
页数
9页
分类号
R551.3
字数
语种
中文
DOI
10.3969/j.issn.1672-8467.2021.01.003
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研究来源
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研究去脉
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期刊影响力
复旦学报(医学版)
主办单位:
复旦大学
出版周期:
双月刊
ISSN:
1672-8467
CN:
31-1885/R
开本:
大16开
出版地:
上海医学院路138号 285信箱
邮发代号:
4-262
创刊时间:
1956
语种:
chi
出版文献量(篇)
3888
总下载数(次)
4
总被引数(次)
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