天津市致病毒性脑炎柯萨奇病毒B组5型全基因组序列分析

• 作者: 谭昭麟 吕莉琨 李力 邹明 骆晓燕 李晓燕
• 来源期刊: 病毒学报
• 学科: 医学
• 关键词: 柯萨奇病毒B组5型(CV-B5) 全基因组 高通量测序(NGS) 系统进化分析 重组分析
• 年，卷（期）: 2021,（1）
• 所属期刊栏目: 手足口病相关病毒研究专题论著
• 页码范围: 97-105
• 页数: 9页
• 分类号: R373.2
• 语种: 中文

摘要

肠道病毒是我国病毒性脑炎(Viralencephalitis,VE)的主要病原体.本文研究对4株引起VE的天津柯萨奇病毒B组5型(Coxsackievirus B5,CV-B5)分离株进行Illumina MiniSeq高通量测序,并对其全基因组特征、进化及重组特点进行分析.结果提示,4株CV-B5天津分离株的全基因组核苷酸和氨基酸序列同源性分别为84.5％～100.0％和98.1％?100.0％,与国内流行株的全基因组核苷酸序列同源性为83.2％～96.5％,氨基酸序列同源性为96.4％～99.4％.基于全基因组的系统进化分析将CV-B5流行株分为A-D四个基因型,其中天津与国内流行株均属于C基因型.C基因型进一步分为3个进化分支,而天津分离株处在两个不同的分支上.基于基因组各区段序列的系统进化与SimPlot重组分析结果显示,天津分离株15-39N、15-41N与埃可病毒30型(Echovirus 30,E-30)原型株在P3区3B、3C、3D区域均检测到重组信号.本研究有助于了解CV-B5的全基因组特点和重组规律,为相关疾病的防控提供依据.