濒危树种香木莲转录组分析

• 作者: 苗艺明 石松 杨梅 刘世男
• 来源期刊: 北华大学学报（自然科学版）
• 学科: 农学
• 关键词: 香木莲 转录组 生物信息学分析
• 年，卷（期）: 2021,（1）
• 所属期刊栏目: 林业科学
• 页码范围: 122-127
• 页数: 6页
• 分类号: S718.46
• 语种: 中文
• DOI: 10.11713/j.issn.1009-4822.2021.01.024

摘要

为获得基因组信息,利用下一代高通量测序技术平台IIIumina HiSeqTM4000对香木莲(Manglietia aromatica)组织进行转录组测序,将Raw reads过滤组装后获得的Unigene进行生物信息学相关分析.结果 显示:共获得48123条Unigene,N50为1331 nt,平均长度为960 nt.与NR、GO、KOG、KEGG、Swiss-prot数据库进行比对得到注释的有效序列数量分别为37877、32125、25525、30143和27988条.在NR数据库中,与莲花(Nelumbo nucifera)、博落回(Macleaya cordata)、葡萄(Vitis vinifera)、棕榈(Elaeis guineensis)等物种匹配序列较多;在GO数据库中得到3大类58个亚类共246974个功能注释,其中,基因数最多的是生物学过程注释;在KOG数据库中得到25类25525个功能注释,其中,一般功能和信号传导机制的相关基因数量较多;在KEGG pathway中涉及6大类19个亚类共142条代谢途径分支,其中,代谢相关通路较多,占总数的63.6％.