SETD2在恶性胸膜间皮瘤中的表达与临床意义研究

• 作者: 于曼 余珉 朱丽瑾 苑修源 张幸
• 来源期刊: 中华劳动卫生职业病杂志
• 关键词: 间皮瘤 胸膜 SETD2 TCGA数据库 GEO数据库 预后
• 年，卷（期）: 2021,（2）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 91-98
• 页数: 8页
• 语种: 中文
• DOI: 10.3760/cma.j.cn121094-20200831-00505

摘要

目的:分析恶性胸膜间皮瘤（MPM）基因突变概况和高频突变基因的表达水平，筛选出影响MPM患者预后的关键分子和临床病理因素。方法:于2020年3月，分别从癌症基因组图谱（TCGA）数据库和人类肿瘤相关基因表达汇编（GEO）数据库下载86例MPM组织的基因二代测序数据和89例MPM组织样本的基因芯片表达数据，收集相关体细胞突变信息及对应的临床病理资料。汇总TCGA数据库中组织样本基因突变概况并分析高频突变基因表达水平与MPM患者临床病理学特征、石棉接触史和预后的关系，筛选出与MPM预后显著相关的基因进行基因集富集分析（GSEA）。利用GEO数据库的芯片表达数据对筛选出的关键基因和临床病理特征进行生存分析和GSEA验证。结果:TCGA数据集中单核苷酸变异（SNV）频率最高的10个基因是BAP1、NF2、TP53、TTN、SETD2、LATS2、CCDC168、FAT4、PTCH1和ZNF469。野生型NF2、TP53、SETD2和CCDC168基因的高表达率高于突变型，差异均具有统计学意义（ P<0.05）。TCGA数据集Cox多因素分析结果显示，上皮型（ HR=0.425，95% CI：0.235~0.767， P<0.01）和SETD2低表达（ HR=0.516，95% CI：0.307~0.868， P=0.011）MPM患者的死亡风险较低。GEO数据集生存分析验证发现，上皮型MPM患者生存时间更长，肉瘤型MPM患者生存时间最短（ P<0.01）。TCGA和GEO数据集富集结果显示STED2可能与G2M细胞周期检查点、E2F靶标基因、MYC靶标基因、蛋白分泌、有丝分裂纺锤体、MTORC1通路、TGF-β通路、雄激素反应和紫外线反应等通路相关。 结论:MPM伴随着以BAP1、NF2、TP53、TTN、SETD2和LATS2等基因为代表的较高频率的基因突变。SETD2表达水平和组织类型中的上皮型可能是影响MPM预后的因素。