基于转录组学的不明原因复发性流产关键基因及机制分析

• 作者: 肖润颖 肖建华 王比男 李寒梅 郭海春 莫鸿英 黎小弟 任懂平 付枭 柳红艳 黎丽
• 来源期刊: 中南医学科学杂志
• 关键词: 复发性流产 转录组测序技术 基因表达谱 单核苷酸多态性
• 年，卷（期）: 2021,（2）
• 所属期刊栏目: 临床医学|CLINICAL MEDICINE
• 页码范围: 162-168
• 页数: 7页
• 分类号: R392.9
• 语种: 中文
• DOI: 10.15972/j.cnki.43-1509/r.2021.02.009

摘要

目的 研究不明原因复发性流产(URSA)患者蜕膜组织与正常蜕膜组织转录组的差异基因表达,探究其发病涉及的主要基因和关键通路.方法 应用转录组测序技术(RNA-Seq)检测URSA组和对照组蜕膜组织的差异基因表达情况,通过GO、KEGG、GSEA、PPI网络分析等方法找到其关键差异基因及通路.采用单核苷酸多态性(SNP)芯片技术对关键差异基因单核苷酸多态性位点(SNP)的多态性进行检测.结果 共筛到1057个差异表达基因(DEGs),上调基因469个,下调基因588个.GO分析显示,DEGs主要参与T细胞活化、分化和免疫应答过程的负调控等生物学过程.KEGG分析显示,DEGs主要富集到Toll样受体信号通路、抗原加工和递呈、同种异体移植排斥反应等信号通路.基因集富集分析(GSEA)与蛋白相互作用网络(PPI网络)分析筛选出的关键节点基因主要与JAK-STAT、MAPK等信号通路及Treg细胞活化及抑制功能相关;其中DUSP1、MAFB、TIGIT、HLA-DPA1、白细胞介素-2受体α(IL-2RA)等可能是影响URSA发生发展的关键基因.SNP芯片筛选出HLA-DPA1 rs1042866、HLA-DPA1 rs2567279及IL-2RA rs2025346等基因位点在两组间分布的差异具有显著性(P<0.05),且HLA-DPA1 rs1042866的多态性变异(C>T)可能降低了URSA的发病风险(P<0.05),而HLA-DPA1 rs2567279的多态性变异(T>C)及IL-2RA rs2025346的多态性变异(G>A)则可能提高了URSA的发病风险(P<0.05).结论 URSA患者蜕膜组织与正常蜕膜组织转录组的基因表达的差异具有显著性,DUSP1、MAFB、TIGIT、HLA-DPA1、IL-2RA等可能是影响URSA发生发展的关键基因,主要与免疫调节功能相关.HLA-DPA1 rs1042866、rs2567279及IL-2RA rs2025346基因位点多态性变异可能与URSA的发病风险有关.