小鼠皮肤损伤后时序芯片数据分析及关键基因的筛选

• 作者: 吴涛 朱士胜 熊红丽 张丽 赵聪聪 陆涛 李红卫 李剑波
• 来源期刊: 中国法医学杂志
• 关键词: 法医病理学 关键基因 生物信息学 差异表达基因 皮肤损伤时间
• 年，卷（期）: 2021,（2）
• 所属期刊栏目: 死亡/损伤时间推断专题
• 页码范围: 124-129
• 页数: 6页
• 分类号: DF795.1
• 语种: 中文
• DOI: 10.13618/j.issn.1001-5728.2021.02.002

摘要

目的 应用生物信息学方法对皮肤损伤后不同时间点的差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs)进行分析,为法医学皮肤损伤时间推断(wound age estimation)提供理论依据.方法 从基因表达综合数据库(gene expression omnibus,GEO)下载基因芯片数据集GSE23006,使用在线分析工具GEO2R分别筛选皮肤损伤后1d组、3d组、5d组、7d组和10d组与正常对照组比较的DEGs,采用Cytoscape软件筛选关键基因,对所筛选的关键基因进行蛋白网络互作分析、GO和KEGG富集分析.结果 与正常对照组比较,小鼠皮肤损伤1d、3d、5d、7d 和 10d 分别筛选的结果如下:1d 组关键基因为 Cd44、Mmp9、Stat1、Ptprc、Il6、Tlr4、Tnf、Tlr2和 Il1β;3d 组关键基因为 Mmp9、Stat1、Ptprc、Il6和 Il1β;5d 组关键基因为 Crp、Serpine1、Fos、Stat1、Jun、Mmp9、Cxcl10、Vcam1、Mmp3、Cxcl5、Spp1、Timp1 和 Fn1;7d 组关键基因为 Krt83、Col1a1 和 Timp1;10d 组关键基因为 Crp、Fos、Ctgf、Il1f6、Cxcl1、Il6、Actc1、Mmp13、Timp1、Cxcl2、Eln、Atf3和 Il1β.关键基因 GO功能分析显示与炎症反应、免疫调节、组织修复和组织重塑有关,KEGG分析显示与细胞凋亡、炎症介质调控、免疫细胞受体信号通路等相关.关键基因在皮肤损伤愈合过程不同阶段发挥重要作用,与损伤时间存在相关性.结论 筛选出的小鼠皮肤损伤不同时间点关键基因可作为相应时间点的特定表达基因,为进一步深入研究皮肤损伤、进行损伤时间推断提供了依据和思路.