基于改进生成式对抗网络的编码DNA分子识别

• 作者: 随学杰 王慧锋 颜秉勇
• 来源期刊: 华东理工大学学报（自然科学版）
• 关键词: 深度卷积生成式对抗网络 QuipuNet 分类 纳米孔道数据分析 编码DNA分子
• 年，卷（期）: 2021,（2）
• 所属期刊栏目: 信息科学与工程|Information Science and Engineering
• 页码范围: 241-246
• 页数: 6页
• 分类号: R857.3
• 语种: 中文
• DOI: 10.14135/j.cnki.1006-3080.20191216001

摘要

纳米孔道单分子检测技术通过在纳米孔道中捕获分子穿过时产生的离子流变化信号来研究单个分子的信息.然而,由于纳米孔道对不同分子的捕获率不同,因此采集到的单分子数据集不平衡,进而影响分子识别的准确率.本文基于编码DNA分子的阻断事件,构建以深度卷积生成式对抗网络(DCGAN)为基本框架的模型,实现少数类样本的扩充,从而达到纳米孔道数据集的平衡处理,并采用QuipuNet对平衡前后的数据集进行训练和识别.结果表明,采用DCGAN平衡数据集后,训练后的QuipuNet对部分"100"编码分子的识别准确率提升了14％,且平均识别准确率均高于其他扩充数据集的方法,验证了采用DCGAN扩充编码DNA分子数据以平衡数据集可有效提高模型训练后对实际信号的识别准确率.